- Thiếu sự lãnh đạo của giai cấp tiên tiến với đường lối lãnh đạo đúng đắn.
- Tư tưởng lãnh đạo của Đề Thám (chủ hòa) không hợp với nhiều nghĩa quân (chủ chiến).
- Nhiều nghĩa quân đã bị trói buộc vào tình trạng tá điền không công cũng gây nên sự rạn nứt trong nội bộ của nghĩa quân.
- Nghĩa quân Yên Thế chưa lấy đuợc lòng dân do đôi khi nghĩa quân vẫn cướp bóc, sách nhiễu dân chúng.
- Mục tiêu của cuộc khởi nghĩa chỉ là để giữ một vùng đất nhỏ độc lập với chính quyền của Pháp, chỉ phù hợp vói nông dân lưu tán cư trú ở Yên Thế, mà không cuốn hút được các thành phần xã hội khác ở Việt Nam lúc đó.
- Thiếu cộng tác vói các phong trào chống Pháp khác tại Việt Nam lúc đó.
Trong đó, nguyên nhân đầu tiên là cơ bản nhất phản ảnh tình trạng khủng hoảng về đường lối và giai cấp lãnh đạo ở Việt Nam những năm cuối thế kỉ XIX
