Phan Bội Châu sinh vào tháng Chạp năm Ðinh Mão, tức là năm Tự Ðức thứ 20 (1867), cha mẹ đặt tên là Phan Văn San. Về sau, vì sợ phạm húy với Hoàng tử Vĩnh San, tức vua Duy Tân, con thứ của vua Thành Thái, nên đổi lại là Phan Bội Châụ Bội-Châu có nghĩa là đeo ngọc.Sinh trưởng trong một gia đình lễ giáo, thân phụ ông là Phan Văn Phổ, một nhà nho chân chính rất trọng chữ thanh cần. Thân mẫu ông là bà Nguyễn Thị Nhàn, một nữ sĩ được tiếng là người đức hạnh.
Phan Bội Châu quê ở xã Ðông Liệt, tỉnh Nghệ An. Năm lên 3 tuổi, ông phải theo cha mẹ về ở nơi quê của nội tổ ở làng Ðan Nhiệm, tổng Xuân Liễm, huyện Nam Ðàn, tỉnh Nghệ An. Từ thuở bé, Phan Bội Châu đã được hấp thụ một nền giáo dục rất chặt chẽ nhờ vào sự đảm đang nuôi nấng, dạy dổ của mẫu thân, nhưng phần lớn cũng nhờ vào sự nghiêm khắc của thân phụ, lúc bấy giờ làm nghề dạy học.Phan Bội Châu rất mực thông minh. Năm lên 6 tuổi được cho đi học, chỉ trong ba ngày, ông học he^'t cuốn Tam Tự Kinh. Lên bảy tuổi học đến sách Luận ngữ, ông đã mô phỏng để làm cuốn Phan tiên sinh luận ngữ, có ý mỉa mai chúng bạn nên bị phụ thân quở phạt. Năm 1874, ở Nghệ An có phong trào Văn Thân, dù chỉ mới là một đứa bé lên tám, Phan Bội Châu cũng muốn noi gương của Trần Quốc Toản xưa đã giúp Hưng Ðạo Vương để đại phá quân Nguyên ở Bến Chương Dương nêu cao lá cờ phá cường tặc báo hoàng ân nên ông đã tụ tập bọn trẻ con lại để tập trận giả bằng những súng đạn do chính ông làm ra
