Từ năm 1862, nhất là từ năm 1874, do nhiều nguyên nhân từ cuộc chiến tranh với Pháp, triều đình Nguyễn đã tạo cơ hội cho Thiên chúa giáo phát triển. Trong khoản 2 hiệp ước năm 1862 quy định: “Công dân hai nước Pháp và Tây Ban Nha có thể hành đạo trong nước Việt Nam và công dân của nước này, bắt luận ai, nếu muốn theo đạo Gia Tô thì theo, không bị ngăn trở, nhưng không được cưỡng bực ai trở thành tín đồ Gia Tô nếu người ấy không muốn”[10]. Năm 1865, Tự Đức đã ra chỉ dụ chính thức cho các giáo sĩ tự do truyền đạo và dân chúng tự do theo đạo. Năm 1874, theo hiệp ước, người theo Thiên chúa giáo được tự do dự các kì thi do triều đình tổ chức và tham gia vào bộ máy nhà nước các cấp, tham dự vào các hoạt động chính trị xã hội của đất nước như một công dân bình thường như mọi công dân khác.
Như vậy, khác với ba tôn giáo truyền thống Nho giáo, Phật giáo, Đạo giáo, Thiên chúa giáo đến đầu thế kỉ XIX cũng không được các vua đầu triều Nguyễn tin tưởng, thường xuyên gây khó khăn. Nhưng do những ý thức hệ và mâu thuẫn đến quyền lợi, văn hóa dân tộc bị đảo lộn nên lệnh cấm đạo luôn được ban ra. Do mức độ sát đạo gay gắt, những phần tử phản động, gián điệp, lợi dụng tôn giáo để hoạt động chính trị đã tạo điều kiện cho Thiên chúa giáo trở thành công cụ cho kẻ xâm lược. Đến năm 1874, cơ bản Thiên chúa giáo đã được hoạt động công khai và từng bước phát triển.
