Muốn sử dụng phân chuồng chúng ta phải ủ phân trước khi sử dụng nếu không sẽ có hại cho cây trồng. Bởi vì trong phân chuồng tươi còn có nhiều hạt cỏ dại, nhiều ấu trùng, nhiều bào tử ngủ nghỉ của nấm, xạ khuẩn, vi khuẩn. Hơn nữa còn có nhiều tuyến trùng gây bệnh.
