Để phân loại vi khuẩn, các nhà khoa học thường sử dụng nhiều tiêu chuẩn khác nhau và tiến hành theo các khoa định loại thường dùng.
- Bước 1 là phân loại theo kiểu hình: dựa vào các đặc điểm về hình thái học như hình dạng, kích thước, màu sắc tế bào và khuẩn lạc, cấu tạo tế bào, tiên mao, tiêm mao, nhuộm Gram, khả năng sinh bào tử, các đặc tính về sinh lí, dinh dưỡng, các sản phẩm trao đổi chất, khả năng thích ứng,..
- Bước 2 là xếp loại vi khuẩn theo tiêu chuẩn về ADN bằng cách so sánh mức độ tương đồng về cấu trúc ADN giữa các chủng vi khuẩn.
- Bước 3 là xác định lại các đặc điểm hoá sinh của các nhóm vi khuẩn có tương đồng về ADN, từ đó có thể xếp vào các loài hoặc chủng vi khuẩn cụ thể.