Con người đã có những ứng dụng thực tế đối với những vi khuẩn hoại sinh có ích :
- Nông nghiệp: cố định đạm -> bổ sung đạm cho đất, cung cấp nito cho cây trồng; phân huỷ các chất hữu cơ thành chất vô cơ cho cây sử dụng
- Chế biến thực phẩm: vi khuẩn len men làm giấm, tương, rượu,..
- Vai trò trong công nghiệp sinh học: Sản xuất hormon , aa cân thiết nhờ nuôi cấy vi khuẩn.....
ứng dụng trong muối dưa, muối cà, làm sữa chua.
Có loại vi khuẩn kí sinh có lợi là ecoli : Đây được coi là lợi khuẩn giúp tiêu hóa thức ăn tốt hơn , cân bằng hệ vi khuẩn đường ruột , tiêu diệt vi khuẩn gây hại