- Bậc 1: Các axit amin nối với nhau bởi liên kết peptit hình thành chuỗi pôlipeptit. Là trình tự xắp sếp đặc thù của các loại axit amin trên chuỗi pôlipeptit. Thể hiện tính đa dạng và đặc thù của protein qua số lượng, thành phần và trình tự sắp xếp axit amin. - Bậc 2: Chuổi pôlipeptit co xoắn (anpha) hoặc gấp nếp (beta) tạo nên nhờ các liên kết hidro giữa axit amin trong chuỗi với nhau. - Bậc 3: Hình dạng của phân tử protein tỏng không gian ba chiều, do xoắn bậc 2 cuộn xếp theo kiểu đặc trưng cho mỗi loại protein, tạo nên khối hình cầu. - Bậc 4: Khi protein có 2 hay nhiều chuỗi pôlipeptit (cùng hay khác loại) Phối hợp với nhau để tạo nên phức hợp protein lớn hơn thì tạo ra cấu trúc bậc 4 của protein. Các chuỗi pôlipeptit liên kết với nhau nhờ các liên kết yếu như liên kết hidro.