Giống nhau:
+Đều cấu tạo đơn bào
+Đều có hình thức sinh sản vô tính: phân đôi cơ thể
Khác nhau:
*Di chuyển
+Trùng giày di chuyển nhờ lông bơi
+ Trùng biến hình di chuyển nhờ chân giả
*Dinh dưỡng
-Trùng biến hình
+ Tiêu hoá nội bào
+Chất thừa dồn đến không bào co bóp và thải ra ngoài
-Trùng giày
+ Thức ăn qua miệng tới hầu, tới ko bào tiêu hoá và được biến đổi nhờ enzim, đưa đến ko bào co bóp và qua lỗ thoát thải ra ngoài
*Sinh sản: Ngoài hình thức sinh sản vô tính theo hình thức phân đôi cơ thể, trùng giày còn có hình thức sinh sản tiếp hợp