Cơ sở hiện tượng thoái hóa: Hiện tượng thoái hóa giao phối gần, tự thụ trong nhiều thế hệ tỉ lệ thể đồng hợp tăng dần, tỉ lệ thể dị hợp giảm dần, tạo ra các cặp gen lặn đồng hợp gây hại. Bình thường, các gen lặn này ở trạng thái dị hợp nên không biểu hiện ra kiểu hình. Khi giao phối gần xảy ra, các gen này có cơ hội biểu hiện ra kiểu hình, làm cho đời con giảm cả về sức sinh sản, sức sống do có nhiều cặp gen đồng hợp lặn gây hại đã được biểu hiện thành kiểu hình.
Cơ sở hiện tượng ưu thế lai: Có nhiều giả thuyết đưa ra về nguyên nhân của hiện tượng ưu thế lai, tuy nhiên giả thuyết được công nhận nhiều hơn cả là giả thuyết siêu trội: Ở trạng thái dị hợp tử về nhiều cặp gen khác nhau, con lai sẽ có kiểu hình vượt trội về nhiều mặt so với các dạng bố mẹ có kiểu gen đồng hợp về nhiều gen.
Không dùng con lai kinh tế làm giống: Ưu thế lai giảm dần vì con lai F1 có kiểu gen dị hợp, khi đem các cơ thể dị hợp này đi làm giống sinh sản hữu tính thì đời sau con sẽ xuất hiện các kiểu gen đồng hợp lặn, gây hiện tượng thoái hóa giống làm ưu thế lai giảm dần qua các thế hệ. → Không dùng làm giống.
