Đa dạng sinh học đang bị suy giảm với tốc độ nhanh hơn hẳn so với bất kỳ thời kỳ nào kể từ khi loài khủng long bị tuyệt diệt cách đây khoảng 65 triệu năm. Người ta cho rằng trong các rừng nhiệt đới luôn chứa đựng sự tuyệt chủng. Có khoảng 10 triệu loài sống trên trái đất, theo ước lượng chính xác nhất, và rừng nhiệt đới có từ 50 đến 90% tổng số. Khoảng 17 triệu hecta rừng nhiệt đới, một diện tích gấp 4 lần kích cỡ của Thuỵ Sỹ, đã bị phá huỷ hàng năm, và các nhà khoa học ước tính là với tốc độ này khoảng 5 – 10% các loài ở rừng nhiệt đới có thể phải đối mặt với sự tuyệt chủng trong vòng 30 năm nữa .
Các rừng nhiệt đới không phải những nơi duy nhất có đa dạng sinh học bị đe doạ. Trên thế giới, hầu hết rừng mưa ôn đới, với nhiệt tích gần bằng diện tích của Malaysia, đã bị mất đi . Cho dù tổng quy mô rừng trong các vùng bắc cực và ôn đới phía bắc không bị biến đổi nhiều trong những năm gần đây, nhưng trong nhiều vùng, các khu rừng lâu năm, phong phú về loài đang dần dần bị thay thế bởi các rừng thứ cấp và rừng trồng.
Đa dạng sinh học của các hệ thống nước ngọt và biển cũng đối mặt với sự suy giảm và thoái hoá nghiêm trọng. Có lẽ chịu nhiều ảnh hưởng nhất là các hệ sinh thái nước ngọt, những hệ sinh thái này phải đối mặt với sự ô nhiễm lâu dài và với sự nhập nội nhiều loài ngoại lai . Các hệ sinh thái biển cũng đang phải chịu đựng sự suy giảm của nhiều quần thể loài đơn nhất và những biến đổi sinh thái học quan trọng.
