Sáng mùng 5 tháng 7, Tôn Thất Thuyết đã đưa vua Hàm Nghi cùng đoàn tùy tùng đời kinh đô Huế chạy ra sơn phòng Tân Sở (Quảng Trị). Tại đây, ngày 13 tháng 7 năm 1885, Tôn Thất Thuyết, lấy danh nghĩa vua Hàm Nghi, đã hạ chiếu Cần Vương lần thứ nhất. Ở Quảng Trị một thời gian, để tránh sự truy lùng gắt gao của quân Pháp, Tôn Thất Thuyết lại đưa Hàm Nghi vượt qua đất Lào đến sơn phòng Ấu Sơn (Hương Khê, Hà Tĩnh). Tại đây, Hàm Nghi lại xuống chiếu Cần Vương lần hai ngày 20 tháng 9 năm 1885.Hai tờ chiếu này tập trung tố cáo âm mưu xâm lược Việt Nam của thực dân Pháp, đồng thời kêu gọi sĩ phu, văn thân và nhân dân cả nước đứng lên kháng chiến giúp vua bảo vệ quê hương đất nước.
Mặc dù diễn ra dưới danh nghĩa Cần Vương, thực tế đây là một phong trào đấu tranh yêu nước chống Pháp xâm lược của nhân dân Việt Nam. Trong thời kì này, hoàn toàn vắng mặt sự tham gia của quân đội triều đình. Lãnh đạo các cuộc khởi nghĩa Cần Vương không phải là các võ quan triều Nguyễn như trong thời kì đầu chống Pháp, mà là các sĩ phu văn thân yêu nước có chung một nỗi đau mất nước với quần chúng lao động, nên đã tự nguyện đứng về phía nhân dân chống Pháp xâm lược. Phong trào Cần Vương bùng nổ từ sau sự biến kinh thành Huế vào đầu tháng 7 năm 1885 và phát triển qua hai giai đoạn:Giai đoạn thứ nhất từ lúc có chiếu Cần Vương đến khi vua Hàm Nghi bị bắt (11–1888)Giai đoạn thứ hai kéo dài tới khi khởi nghĩa Hương Khê thất bại (1896).
