Khác biệt cơ bản nhất của 2 phân hệ thần kinh này chính là tác dụng đối lập của chúng lên cùng 1 cơ quan trong cơ thể.
Phân hệ giao cảm truyền tín hiệu qua dây thần kinh giao cảm, còn phân hệ đối giao cảm thì theo dây thần kinh đối giao cảm.
Trung khu của phân hệ giao cảm nằm ở sừng bên chất xám ( từ đốt 1 đến đốt 3) tủy sống, còn đối giao cảm ở não giữa, hành não và đốt tủy cùng.
Bộ phận ngoại biên phân hệ giao cảm gồm các dây thần kinh và hạch, hạch xa cơ quan gần trung tâm, sợi trước hạch ngắn , sợi sau hạch dài; Ngoại biên phân hệ đối giao cảm: Chất trắng: hình thành các dây thần kinh: hạch gần cơ quan và xa trung tâm; sợi trước hạch dài và sợi sau hạch ngắn.
Sự hoạt động đối lập mà thống nhất giữa 2 phân hệ này giúp điều hòa một cách nhịp nhàng các hoạt động sống sinh lý của cơ thể.
