Hiện tượng thoái hóa là hiện tượng con cái có sức sống kém dần, sinh trưởng phát triển chậm, chống chịu kém, năng suất giảm; đối với thực vật nhiều cây bị chết, đối với động vật khả năng sinh sản giảm, chết non, xuất hiện quái thai dị dạng
Tự thụ phấn bắt buộc với cây giao phấn hoặc giao phấn gần ở động vật gây ra hiện tượng thoái hóa vì các gen lặn có hại ở dạng đồng hợp được biểu hiện ra kiểu hình gây hại
Trong chọn giống người ta dùng phương pháp tự thụ phấn hoặc giao phối cận huyết nhằm mục đích đẻ củng cố duy trì một số tính trạng mong muốn, tạo dòng thuần có các cặp gen đồng hợp, thuận lợi cho sự đánh giá kiểu gen từng dòng, phát hiện các gen xấu để loại ra khỏi quần thể
