Protein được bắt đầu tiêu hóa từ dạ dày: Dưới tác dụng của pepsin (trong điều kiện pH = 2 do HCl tạo ra) các protein được phân cắt thành các chuỗi polipeptit
Ở ruột non: dưới tác dụng của enzyme (Tripsin, Kimotripsin) các chuỗi polipeptit => peptit => axit amin
Phân giải protein phân hủy protein thành các polypeptide nhỏ hơn hoặc các axit amin. Nếu không được xúc tác, việc phân hủy liên kết peptit là cực kỳ chậm, có thể mất đến hàng trăm năm. Quá trình phân giải protein thường được xúc tác bởi các enzyme tế bào được gọi là protease, nhưng quá trình này cũng có thể phân hủy từ các phân tử trong nó
