- Từ năm 1885-1888: nghĩa quân lo tổ chức, huấn luyện, xây dựng công sự, rèn đúc vũ khí và tích trữ lương thảo.
- Từ năm 1888 đến 1895: là thời kì chiến đấu của nghĩa quân . Dựa vào vùng rừng núi hiểm trở, có sự chỉ huy thống nhất, nghĩa quân đã đẩy lui nhiều cuộc hành quân và càn quét của giặc.
+ Để đối phó Pháp tập trung binh lực và xây dựng 1 hệ thống đồn, bốt nhằm bao vây , cô lập nghĩa quân. Đồng thời chúng mở nhiều cuộc tấ công quy mô vào Ngàn Trươi.
+ Nghĩa quân phải chiến đấu trong điều kiện ngày càng gian khổ hơn, lực lượng suy yếu dần.
+ Sau khi chủ tướng Phan Đình Phùng hi sinh, cuộc khởi nghĩa được duy trì thêm một thời gian dài rồi tan rã.