Cuộc khởi nghĩa Yên Thế khởi nguồn tại vùng Yên Thế Thượng. Trước khi thực dân Pháp đặt chân đến vùng này, nơi đây đã là một vùng đất có một cư dân phức tạp, chủ yếu là nông dân lưu tán các loại. Họ chọn nơi đây làm nơi cư trú và đã công khai chống lại triều đình. Khi thực dân Pháp đến bình định vùng này, các toán vũ trang ở đây có thể cũng chống lại quân Pháp như đã từng chống lại triều đình nhà Nguyễn trước đó để bảo vệ miền đất tự do của họ.Và vì Yên Thế là bình địa của Pháp khi chúng mở rộng chiếm đóng Bắc Kì nên họ đã nổi dậy đấu tranh để bảo vệ cuộc sống của mình.
Yên Thế Thượng vào giữa thế kỷ 19 còn là một vùng đất hoang vu chưa được khai phá. Đây là nơi tá túc của nhiều toán giặc Khách, nhiều toán thổ phỉ thường xuyên cướp phá các vùng lân cận. Đây cũng là nơi cho nông dân lưu tán hoặc đang bị truy đuổi đến ẩn náu và sinh sống từ những năm 60 và 70 của thế kỷ 19. Ở đây, họ cùng nhau khai phá đất hoang để trồng cấy, kiếm lâm sản, sống lẫn lộn với bọn giặc Khách, bọn thổ phỉ. Để chống lại ách áp bức, sự truy bắt của chính quyền cũng như chống lại sự cướp bóc, tàn phá của giặc cướp, những người nông dân lưu tán đến cư ngụ ở đây đã phải lập những đội vũ trang tự vệ, những làng chiến đấu. Đây được đánh giá là vùng đất thiếu an ninh nhất của Bắc kỳ lúc bấy giờ.
Nhiều học giả nhận định ba nguyên nhân dẫn đến cuộc khởi nghĩa:
- Do nhu cầu tự vệ của nông dân lưu tán cư trú ở đây, nhằm giữ vững vùng đất này như là một vùng đất ngoài pháp luật, không chịu sự kiểm soát của bất kỳ chính quyền nào.
- Sự yêu nước và chống ngoại bang Pháp của nghĩa quân Yên T
