Hầu hết các sinh vật đơn bào đều không nhìn thấy được bằng mắt thường, vì kích thước một tế bào là rất nhỏ. Đặc biệt là vi khuẩn, kích thước tế bào nhân sơ nhỏ hơn nhiều lần so với tế bào nhân thực.
Một số cơ thể sinh vật mà em không nhìn thấy được bằng mắt thường: trùng roi, trùng giày, trùng biến hình, trực khuẩn than, lậu cầu, trực khuẩn uốn ván,...