-Triều đình Huế chính thức thừa nhận nền bảo hộ của Pháp ở Bắc Kì và Trung Kì.
- Cắt tỉnh Bình Thuận ra khỏi Trung Kì để nhập vào đất Nam Kì thuộc Pháp, ba tinh Thanh - Nghệ - Tĩnh được nhập vào Bắc Kì.
- Triều đình chỉ được cai quản vùng đất Trung Kì, nhưng mọi việc đều phải thông qua viên Khâm sứ Pháp ở Huế. Công sứ Pháp ở các tỉnh Bắc Kì thường xuyên kiểm soát những công việc của các quan lại triều đình, nắm các quyền trị an và nội vụ.
- Mọi việc giao thiệp với nước ngoài (kể cả với Trung Quốc) đều do Pháp nắm.
- Triều đình Huế phải rút quân đội ở Bắc Kì về Trung Kì.
- Cơ bản có nội dung giống với hiệp ước 1883, chỉ sửa đổi đôi chút về ranh giới khu vực Trung Kì nhằm xoa dịu dư luận và lấy lòng vua quan phong kiến bù nhìn (đất Trung Kì được mở rộng đến hết tỉnh Ninh Thuận).