Tháng 6 âm lịch năm Ất Mùi niên hiệu Minh Mạng 16 (năm 1835), sách Đại Nam thực lục chép rằng: “Dựng đền thờ thần ở đảo Hoàng Sa thuộc Quảng Ngãi. Hoàng Sa ở hải phận Quảng Ngãi, có một chỗ nổi cồn cát trắng, cây cối xanh um, giữa cồn cát có giếng, phía tây nam có miếu cổ, bờ đông, tây, nam đều đá san hô thoai thoải uốn quanh mặt nước. Phía Bắc, giáp với một cồn toàn đá san hô, sừng sững nổi lên, chu vi 340 trượng, cao 1 trượng 3 thước, ngang với cồn cát, gọi là Bàn Than thạch. Năm ngoái vua toan dựng miếu lập bia ở chỗ ấy, bỗng vì sóng gió không làm được. Đến đây, mới sai Cai đội Thủy quân là Phạm Văn Nguyên đem lính thợ giám thành cùng phu thuyền hai tỉnh Quảng Ngãi, Bình Định, chuyên chở vật liệu đến dựng miếu. Bên tả miếu dựng bia đá; phía trước miếu xây bình phong. Mươi ngày làm xong rồi về”.
Hoàng Sa tự là “bằng chứng hiển nhiên vết tích của việc xác lập chủ quyền của Việt Nam” tại Hoàng Sa. Về vấn đề này, GS, TSKH Vũ Minh Giang, Chủ tịch Hội đồng khoa học, Đại học Quốc gia Hà Nội khẳng định: “Có thể nói đến thời Nguyễn, chủ quyền của Việt Nam trên hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa đã được thiết lập và thực thi một cách đầy đủ và toàn vẹn, không có sự tranh chấp nào. Chính vì vậy, khi đánh chiếm được Việt Nam, Pháp đã mặc nhiên đặt quyền quản lý của chính quyền đô hộ lên hai quần đảo. Người Pháp đã cho xây dựng các đài khí tượng, trạm quan trắc và cắt đặt lính đồn trú trên các đảo”.
Từ đó có thể khẳng định, dưới thời Nguyễn, chủ quyền của Việt Nam trên hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa đã được thiết lập và thực thi một cách đầy đủ và toàn vẹn, không có tranh chấp. Bằng chứng là nhà Nguyễn bằng việc huy động một lực lượng lớn bao gồm quan chức của các cơ quan Trung ương Nội các, Bộ Công, Bộ Hộ, Bộ Binh, Bộ Hình, Giám thành Khâm thiên giám, thuỷ sư... phối hợp với quan chức địa phương và ngư dân các tỉnh Quảng Ngãi, Bình Định hàng năm thực thi công vụ Hoàng Sa như vẽ bản đồ, kiểm kê tài nguyên trên đảo, đo đạc hải trình, cắm cọc tiêu, trồng cây, dựng miếu, cắm bia chủ quyền, xây dựng hệ thống kho tàng, đồn luỹ, đặt trạm thu thuế, quan trắc thiên văn và dự báo thời tiết.
Chính vì vậy, khi đánh chiếm được Việt Nam, Pháp đã mặc nhiên đặt quyền quản lý của chính quyền đô hộ lên hai quần đảo này. Người Pháp đã cho xây dựng các đài khí tượng, trạm quan trắc và cắt đặt lính đồn trú trên các đảo. Trong suốt quá trình tồn tại, các vị vua triều Nguyễn đều nhận thức biển đảo có ý nghĩa quan trọng đối với sự tồn vong của triều đại, với an ninh quốc gia, dân tộc. Nó được xem là nhân tố, là cơ sở để phòng thủ, bảo vệ quốc gia từ xa trước sự dòm ngó của bên ngoài, nhất là các nước phương Tây. Đó cũng chính là một trong những yếu tố tác động đến ý thức hướng biển và chủ trương tăng cường phòng thủ biển, đảo của triều Nguyễn.
Trong một nghiên cứu mới nhất về chủ quyền biển, đảo qua các tư liệu xác thực dưới triều Nguyễn như châu bản và các bộ chính sử của triều Nguyễn như Đại Nam thực lục, Khâm định Việt sử thông giám cương mục, Khâm định Đại Nam hội điển sự lệ, Đại Nam nhất thống chí… TS Phan Thanh Hải, Giám đốc Trung tâm Bảo tồn di tích Cố đô Huế cho biết triều Nguyễn xác lập và thực thi chủ quyền đối với biển, đảo từ giai đoạn 1802 - 1945.
Đáng chú ý, triều Nguyễn được thành lập năm 1802, nhưng trước đó hơn 200 năm, kể từ năm 1558, các đời chúa Nguyễn, từ Nguyễn Hoàng đến Nguyễn Phúc Thuần đã có công lao to lớn trong việc mở mang bờ cõi, bao gồm toàn bộ đất miền Nam và vùng biển đảo phía Nam và Tây Nam của Tổ quốc. Quá trình đấu tranh để khôi phục và thống nhất đất nước của vị hoàng đế đầu triều Nguyễn - Vua Gia Long cũng gắn liền với các hoạt động trên biển, đảo. Việt Nam là một quốc gia gắn liền với biển do địa thế đặc biệt là nằm kề cận Biển Đông, nhìn mặt ra Thái Bình Dương với quá nửa đường biên giới giáp biển. Vì vậy, các vua triều Nguyễn đều ý thức sâu sắc về tầm quan trọng của biển, đảo đối với việc bảo vệ đất nước, mở mang giao thông, phát triển kinh tế và khai thác các nguồn lợi từ biển, đảo. Dưới thời Nguyễn, khu vực biển, đảo thuộc chủ quyền của Việt Nam đã được xác lập từ bắc chí nam, tương đương với khu vực biển, đảo của chúng ta hiện nay, đó là vùng biển từ Quảng Yên (Quảng Ninh) đến Hà Tiên (Kiên Giang) với các đảo ven bờ và hai quần đảo xa bờ là Hoàng Sa, Trường Sa.
