Sự thất bại của cuộc khởi nghĩa Yên Thế, theo nhiều học giả, có thể do các nguyên nhân:
Tư tưởng lãnh đạo của Đề Thám (chủ hòa) không hợp với nhiều nghĩa quân (chủ chiến).
Nhiều nghĩa quân đã bị trói buộc vào tình trạngtá điềnkhông công cũng gây nên sự rạn nứt trong nội bộ của nghĩa quân.
Nghĩa quân Yên Thế chưa lấy được lòng dân do đôi khi nghĩa quân vẫn cướp bóc, sách nhiễu dân chúng.
Mục tiêu của cuộc khởi nghĩa chỉ là để giữ một vùng đất nhỏ độc lập với chính quyền của Pháp, chỉ phù hợp với nông dân lưu tán cư trú ở Yên Thế, mà không cuốn hút được các thành phần xã hội khác ở Việt Nam lúc đó.
Thiếu cộng tác với các phong trào chống Pháp khác tại Việt Nam lúc đó.
Do Pháp cấu kết với lực lượng phong kiến. Ý nghĩa lịch sử của khởi nghĩa Yên Thế
+ Chứng tỏ sức mạnh to lớn tiềm tàng của nông dân.
+ Làm chậm quá trình xâm lược và bình định của của Pháp.
+ Xứng đáng nối tiếp truyền thống yêu nước của tổ tiên.
Mặc dù thất bại song phong trào nông dân Yên Thế vẫn có ý nghĩa vô cùng to lớn :
- Nó tiêu biểu cho tinh thần quật khởi của nông dân Việt Nam
- Có tác dụng làm chậm quá trình xâm lược, bình định vùng trung du và miền núi phía bắc của thực dân Pháp.
- Nguyên nhân thất bại: do Pháp lúc này còn mạnh, câu kết với phong kiến để đàn áp phong trào, lực lượng nghĩa quân còn mỏng và yếu. Cách thức tổ chức và lãnh đạo còn nhiều hạn chế.
- Ý nghĩa: Cuộc khởi nghĩa thể hiện tinh thần yêu nước chống Pháp của giai cấp nông dân, góp phần làm chậm quá trình bình định của Pháp.
