Sau khi vua Hàm Nghi bị bắt (1888) tuy không còn sự chỉ đạo của triều đình nhưng trong giai đoạn 1888-1896, phong trào đấu tranh của nhân dân vẫn tiếp tục phát triển, quy tụ dần thành các trung tâm lớn và ngày càng lan rộng, tiêu biểu là khởi nghĩa Hùng Lĩnh, khởi nghĩa Hương Khê
