Chức năng chủ yếu của trụ não là điều khiển, điều hòa hoạt động của các nội quan, đặc biệt là hoạt động tuần hoàn, hô hấp, tiêu hóa,do các nhân xám đảm nhiệm. Chất trắng làm nhiệm vụ dẫn truyền, bao gồm các đường dẫn truyền lên(cảm giác) và các đường dẫn truyền xuống (vận động). Não trung gian nằm giữa trụ não và đại não, gồm đồi thị và vùng dưới đồi. Đồi thị là trạm cuối cùng chuyển tiếp của tất cả các đường dẫn truyền cảm giác từ dưới đi lên não. Các nhân xám nằm ở vùng dưới đồi là trung ương điều khiển các quá trình trao đổi chất và điều hòa thân nhiệt. Tiểu não cũng gồm hai thành phần cơ bản là chất trắng và chất xám. Chất xám làm thành lớp vỏ tiểu não và các nhân. Chất trắng nằm ở phía trong, là các đường dẫn truyền nối vỏ tiểu não và các nhân với các phần khác của hệ thần kinh (tủy sống, trụ não, não trung gian và bán cầu đại não).