Khiến nhân dân ta phải sống hơn 50 năm trong chiến tranh
Hàng vạn người bị bắt đi phu, đi lính khiến gia đình li tán.
Mùa màng bị tàn phá, nhân dân đói khổ. Năm 1572, ở Nghệ An "đồng ruộng bỏ hoang, dịch tễ phát sinh, người chết đến quá nửa…
Nền độc lập dân tộc và toàn vẹn lãnh thổ bị xâm phạm nghiêm trọng.
Chiến tranh Trịnh – Nguyễn dẫn đến hậu quả: đất nước bị chia cắt làm 2 miền kéo dài đến cuối TK XVIII, gây bao đau thương cho dân tộc và tổn hại cho sự phát triển của đất nước.