+ Chọn vật liệu để nuôi cấy (đỉnh sinh trưởng, mầm ngủ, đỉnh sinh trưởng rễ, mô lá) và khử trùng. Để khử trùng mô thực vật, người ta thường dùng một số chất hoá học như: HgCl, HO … Và tuỳ thuộc vào từng loại mô thực vật mà lựa chọn loại hoá chất, nồng độ và thời gian xử lý hoá chất thích hợp.
+ Tái sinh mẫu nuôi cấy: Quá trình này được điều khiển chủ yếu dựa vào tỷ lệ hợp chất Auxin/Xytokinin ngoại sinh được đưa vào môi trường nuôi cấy. + Nhân nhanh chồi: Đưa vào môi trường dinh dưỡng nhân tạo các chất điều hoà sinh trưởng (Auxin, Xytokinin, Gibberellin…), các chất bổ sung như nước dừa, nước chiết nấm men, dịch thuỷ phân Casein. kết hợp với các yếu tố nhiệt độ, ánh sáng thích hợp. Tuỳ thuộc vào từng đối lượng nuôi cấy, người ta có thể nhân nhanh các cụm chồi hay kích thích sự phát triển của các chồi nách (vi giâm cành) hoặc thông qua việc lạo cây từ phôi vô tính. + Tạo cây hoàn chỉnh: chuyển các chồi, mầm ngủ từ môi trường nhân nhanh chồi sang môi trường ra rễ để tạo ra cây con hoàn chỉnh. Sau 2-3 tuần, từ những chồi riêng lẻ này sẽ xuất hiện rễ và trở thành cây hoàn chỉnh. Ở giai đoạn này thường bổ sung vào môi trường nuôi cấy các Auxin là nhóm hormon thực vật quan trọng có chức năng tạo rề phụ từ mô nuôi cấy.Trong nhóm này, các chất IAA, IBA, NAA được sử dụng nhiều nhất để tạo rễ cho chồi invitro.
+ Đưa cây con ra vườn ươm với giá thể phù hợp: Chuyển cây con invitro từ trạng thái sống dị dưỡng sang sống hoàn toàn tự dưỡng, do đó phải bảo đảm các điều kiện ngoại cảnh (nhiệt độ, ánh sáng. ẩm độ, giá thể…) phù hợp để cây con đạt tỷ lệ sống cao trong vườn ươm.
+ Đưa cây con ra vườn sản xuất. Hiện nay nhân giống bằng nuôi cấy mô tế bào đã được áp dụng ở một số loài hoa: đồng tiền, cẩm chướng… và đã đem lại hiệu quả kinh tế cao cho người sản xuất. Cây hoa được nhân giống từ nuôi cấy mô tế bào có năng suất rất cao (gấp 3-4 lần so với các cách nhân giống khác), chất lượng giống hoa tốt. Vùng hoa Mê Linh (Vĩnh Phúc), Tây Tựu (Hà Nội) hiện nay hầu hết các giống hoa đồng tiền mới đều được trồng bằng cây nhân giống từ phương pháp nuôi cấy mô tế bào.