Trong các môi trường tự nhiên, vi sinh vật có mặt ở khắp nơi, trong các môi trường và điều kiện sinh thái rất đa dạng.
- Trong đất: vi nấm, tảo
- Trong nước: vi khuẩn suối nước nóng, vi khuẩn lưu huỳnh,…
- Trong không khí: vi khuẩn, virut, xạ khuẩn, nấm men, mấm mốc, …
- Trong môi trường sinh vật: nấm men cadina albicans gây bệnh ở người