Một số nguyên nhân ảnh hưởng đến môi trường và nguồn lợi thủy sản là:
- Khai thác với cường độ cao, mang tính hủy diệt.
- Đắp đập, ngăn sông, xây dựng hồ chứa.
- Phá hoại rừng đầu nguồn.
- Ô nhiễm môi trường nước.
-Xử lí nguồn nước:
+ Lắng (lọc).
+ Dùng hóa chất.
+ Xử lí đặc biệt nếu nước đang nuôi tôm, cá và bị ô nhiễm.
- Quản lí:
+ Ngăn cấm hủy hoại các sinh cảnh đặc trưng.
+ Quy định nồng độ tối đa của hóa chất, chất độc có trong môi trường nước.