Nguyên nhân:

- Sau Hiệp ước 1884, triều đình Huế phân chia thành hai phái đối lập nhau: phái chủ hòa và phải chủ chiến do Tôn Thất Thuyết đứng đầu.

+ Phái chủ chiến luôn nuôi hi vọng giành lại chủ quyền khi có điều kiện: Tôn Thất Thuyết  ra sức xây dựng lực lượng, tích trữ lương thảo, khí giới,… đưa Ưng Lịch lên ngôi (vua Hàm Nghi).

+ Pháp quyết tâm tiêu diệt bằng được phe chủ chiến. Lấy cớ triều đình đưa vua Hàm Nghi lên ngôi mà không hỏi ý kiến, Pháp cho quân đóng ở đồn Mang Cá, tòa Khâm sứ, định bắt cóc Tôn Thất Thuyết nhưng việc không thành.

- Trước âm mưu của Pháp, Tôn Thất Thuyết quyết định nổ súng trước nhằm giành thế chủ động cho cuộc tấn công.

* Diễn biến:

- Đêm mồng 4 rạng sáng 5-7-1885, Tôn Thất thuyết hạ lệnh tấn công quân Pháp ở tòa Khâm sứ và đồn Mang Cá.

- Quân Pháp nhất thời rối loạn, sau khi củng cố tinh thần, chúng mở cuộc phản công chiếm Hoàng thành. Trên đường đi, chúng xả súng tàn sát, cướp bóc hết sức dã man, hàng trăm người dân vô tội đã bị giết hại

*Các cuộc khởi nghĩa hưởng ứng lời kêu gọi của vua Hàm Nghi gồm có:
Nghĩa hội Quảng Nam của Nguyễn Duy Hiệu
Khởi nghĩa Hương Khê (1885-1895) của Phan Đình Phùng, Cao Thắng ở Hương Khê, Hà Tĩnh.
Khởi nghĩa của Nguyễn Xuân Ôn ở Nghệ An
Khởi nghĩa Ba Đình (1886-1887) của Đinh Công Tráng, Phạm Bành ở Nga Sơn, Thanh Hóa.
Khởi nghĩa của Mai Xuân Thưởng ở Bình Định.
Khởi nghĩa Hùng Lĩnh (1886-1892) của Tống Duy Tân ở Bá Thước và Quảng Xương, Thanh Hóa.
Khởi nghĩa Bãi Sậy (1885-1889) của Nguyễn Thiện Thuật ở Hưng Yên
Phong trào kháng chiến ở Thái Bình-Nam Định của Tạ Quang Hiện và Phạm Huy Quang,
Khởi nghĩa Hưng Hóa của Nguyễn Quang Bích ở Phú Thọ và Yên Bái.
Khởi nghĩa Sông Đà (1885-1892) của Đốc Ngữ (Nguyễn Đức Ngữ) ở Hòa Bình.
Khởi nghĩa Hương Khê là cuộc khởi nghĩa tiêu biểu nhất trong phong trào Cần Vương là vì:
- thời gian tồn tại lâu hơn các cuộc khởi nghĩa khác trong phong trào Cần Vương 1885-1896.
- địa bàn hoạt động; rộng lớn hơn nó trãi dài từ Thanh hóa xuống tận Quãng Bình.
- được đông đảo các tần lớp tham gia: công nhân nông dân các lực lượng phong kiến các văn nhân sĩ phu yêu nước.
- có trình độ tổ chức cao trong phong trào và chiền đấu bền bỉ.