Đầu năm 1905, với nhiệt tình cứu nước, Phan Bội Châu sang Nhật để nhờ giúp khí giới, lương tiền. Nhưng người Nhật chỉ hứa nhận thanh niên nước ta sang Nhật học để “đào tạo cán bộ cho cuộc bạo động vũ trang đuổi Pháp về sau”. Hội Duy Tân bèn tổ chức cơ sở trong nước và tìm cách bí mật đưa người sang Nhật học, mở đầu cho phong trào Đông Du. Phong trào Đông Du lúc đầu tiến hành thuận lợi, số du học sinh có lúc đã lên tới gần 200 người. Nhưng trước phong trào Đông Du và những phong trào yêu nước khác lan rộng lúc đó, thực dân Pháp ra tay khủng bố. Tháng 9-1908, chúng cấu kết với bọn cầm quyền Nhật để giải tán tổ chức du học sinh của ta trên đất Nhật và trục xuất các nhà yêu nước của ta ra khỏi đất Nhật. Đến đầu năm sau, Phan Bội Châu cũng phải rời khỏi Nhật đi nơi khác và chuyển hoạt động của mình sang một hướng mới.