Đặc điểm phân biệt ngành động vật nguyên sinh là:
- Có một tế bào nhưng đảm nhiệm mọi chức năng sống.
- Cơ thể có kích thước hiển vi.
- Phần lớn dinh dưỡng theo kiểu dị dưỡng.
- Phần lớn di chuyển bằng chân giả, lông bơi hay roi bơi hoặc tiêu giảm.
- Sinh sản vô tính theo kiểu phân đôi.