Hoạt động khai thác khoáng sản ở nước ta đã và đang gây nhiều tác động xấu đến môi trường xung quanh. Biểu hiện rõ nét nhất là việc sử dụng thiếu hiệu quả các nguồn khoáng sản tự nhiên; tác động đến cảnh quan và hình thái môi trường; tích tụ hoặc phát tán chất thải; làm ảnh hưởng đến sử dụng nước, ô nhiễm nước, tiềm ẩn nguy cơ về dòng thải axit mỏ... Những hoạt động này đang phá vỡ cân bằng điều kiện sinh thái được hình thành từ hàng chục triệu năm, gây ô nhiễm nặng nề đối với môi trường, trở thành vấn đề cấp bách mang tính chính trị và xã hội của cộng đồng một cách sâu sắc.

Nhận định về những tác động đến môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản hiện nay, Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Bùi Cách Tuyến cho rằng: Đáng lo ngại nhất là các hoạt động khai thác, chế biến khoáng sản quy mô nhỏ đang diễn ra khá phổ biến ở nước ta. Do vốn đầu tư của các doanh nghiệp này hạn chế, khai thác bằng phương pháp thủ công, bán cơ giới, công nghệ lạc hậu và nhất là chạy theo lợi nhuận, ý thức chấp hành luật pháp chưa cao nên các chủ cơ sở ít quan tâm đến công tác bảo vệ môi trường, an toàn lao động, bảo vệ tài nguyên khoáng sản, để lại nhiều hậu quả xấu đến môi trường. Đa số các mỏ đang hoạt động hiện nay sản lượng khai thác thấp hơn nhiều so với sản lượng được cấp phép, hoạt động không tuân thủ dự án, thiết kế và báo cáo đánh giá tác động môi trường, hoặc bản cam kết được duyệt.

Đơn cử như việc khai thác than, từ năm 2000 đến nay sản lượng ngành than đã không ngừng tăng. Song vấn đề bức xúc nhất đối với các mỏ khai thác than về góc độ bảo vệ môi trường là đất đá thải. Để sản xuất 1 tấn than, cần bóc đi từ 8 – 10 m3 đất phủ, thải từ 1 - 3 m3nước thải mỏ. Chỉ tính riêng năm 2006, các mỏ than của Tập đoàn Công nghiệp Than và Khoáng sản Việt nam đã thải vào môi trường tới 182,6 triệu m3 đất đá, khoảng 70 triệu m3 nước thải mỏ, dẫn đến một số vùng của tỉnh Quảng Ninh bị ô nhiễm đến mức báo động như Mạo Khê, Uông Bí, Cẩm Phả...

Đất đá thải loại trong khai thác khoáng sản cũng là nguyên nhân gián tiếp dẫn đến tác động cộng hưởng về phát thải bụi từ các mỏ, gây suy giảm môi trường không khí do nhiễm bụi ở các khu dân cư ở trong vùng khai thác. Trên các mỏ than thường có mặt với hàm lượng cao các nguyên tố Sc, Ti, Mn...Các khoáng vật sulphua có trong than còn chứa Zn, Cd, HG...làm cho bụi mỏ trở nên độc hại với sức khỏe con người.

Trong khai thác mỏ kim loại, tác động rõ nét nhất là tàn phá mặt đất, ảnh hưởng lớn đến rừng và thảm thực vật. Việc khai thác vật liệu xây dựng, nguyên liệu cho sản xuất phân bón và hóa chất như đá vôi làm ô nhiễm không khí, ô nhiễm nước nghiêm trọng. Do quy trình khai thác lạc hậu, không có hệ thống thu bụi nên hàm lượng bụi tại những nơi này thường lớn gấp 9 lần so với tiêu chuẩn cho phép.

Một trong những loại vật liệu xây dựng được khai thác từ các lòng sông là cát. Hoạt động này diễn ra trên toàn bộ hệ thống sông suối ở nước ta. Tại miền Nam có tới 120 khu vực được UBND các tỉnh cấp phép khai thác cát xây dựng, khối lượng cát đã khai thác từ những con sông lớn như Đồng Nai - Nhà Bè, Sài Gòn, Vàm Cỏ Đông, sông Tiền và sông Hậu... kể từ năm 1990 đến nay lên tới 100 triệu m3. Hậu quả môi trường mà các tỉnh này đang phải gánh chịu là làm đục nước sông, cản trở thuyền bè qua lại và nguy cơ gia tăng tai nạn giao thông đường thủy. Đặc biệt là gây sạt lở nghiêm trọng các bờ sông, nhất là ở sông Đồng Nai và sông Sài Gòn đã và đang sạt lở nặng nề nhất.