Có rất nhiều nguyên nhân dẫn tới tình trạng ô nhiễm môi trường nước hiện nay, trong đó có hai nguyên nhân chính gây tác động mạnh nhất là con người và tự nhiên.
1. Nguyên nhân do con người:
+ Rác thải sinh hoạt trong quá trình sinh hoạt, vệ sinh của con người từ các hộ gia đình, bệnh viện, khách sạn, cơ quan trường học thải ra môi trường mà không qua xử lý.
+ Các hoạt động nông nghiệp như chăn nuôi gia súc (nước tiểu gia súc, thức ăn thừa không qua xử lý ) và các hoạt động sản xuất nông nghiệp khác (thuốc trừ sâu, phân bón từ các ruộng lúa, dưa, vườn cây, rau chứa các chất hóa học độc hại) có thể gây ô nhiễm nguồn nước ngầm và nước mặt.
+ Các chất thải, nước thải, từ hoạt động sản xuất công nghiệp do tốc độ đô thị hóa, công nghiệp hóa ngày càng phát triển kéo theo các khu công nghiệp được thành lập, do đó lượng rác thải, nước thải của các hoạt động công nghiệp ngày càng nhiều và chưa được xử lý triệt để thải trực tiếp ra môi trường hay các con sông, nguồn nước gây ảnh hưởng tới chất lượng nước hiện nay
2. Do tự nhiên:
+ Ô nhiễm nước do mưa, tuyết tan, lũ lụt... hoặc do các sản phẩm từ hoạt động sống của sinh vật chưa kể xác chết của chúng.
+Cây cối, sinh vật chết đi, chúng bị vi sinh vật phân hủy thành chất hữu cơ. Một phần sẽ ngấm vào lòng đất, sau đó sẽ ngấm sâu vào nguồn nước ngầm, gây ô nhiễm, hoặc theo dòng nước ngầm hòa vào dòng lớn.
+ Lụt lội có thể làm nước mất sự trong sạch, khuấy động những chất bẩn, cáu cặn trong hệ thống cống rãnh, mang theo nhiều chất thải độc hại từ nơi đổ rác, và cuốn theo các loại hóa chất trước đây đã được cất giữ. Lụt lội kéo dài có thể ô nhiễm nặng nề hơn do hóa chất dùng trong nông nghiệp, khu công nghiệp phế thải,... Ô nhiễm nguồn nước do các yếu tố tự nhiên (Núi lửa, bão lụt, xói mòn...) có thể sẽ rất nghiêm trọng.
