Giữa cây Hạt trần và cây Hạt kín có những điểm phân biệt là:
+ Cơ quan sinh dưỡng:
- Cây hạt trần: Rễ cọc, thân gỗ, lá kim.
- Cây hạt kín rất đa dạng: Rễ cọc, rễ chùm; thân gỗ, thân cỏ...; lá đơn, lá kép...
+ Cơ quan sinh sản:
- Cây hạt trần: Chưa có hoa và quả, cơ quan sinh sản là nón, hạt nằm trên lá noãn hở
- Cây hạt kín: Có hoa , cơ quan sinh sản là hạt, hạt nằm trong quả

Thực vật hạt trần hay thực vật khỏa tử (Gymnospermatophyta) là một nhóm thực vật có hạt chứa các hạt trên các cấu trúc tương tự như hình nón (còn gọi là quả nón, mặc dù chúng không phải là quả thực thụ) chứ không phải bên trong quả như thực vật hạt kín. Thuật ngữ gymnospermae có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp gumnospermos, được dịch thành "các hạt trần". Tên gọi này chỉ ra rằng các hạt không được hình thành trong các noãn hay bên trong quả, như ở thực vật hạt kín, mà được tìm thấy trên các vảy bắc của quả nón hoặc các cấu trúc tương tự.

Ngành Thực vật Hạt kín (Angiospermatophyta) hay còn gọi là Thực vật có Hoa (Anthophyta).Theo danh pháp hiện nay thì được gọi là ngành Ngọc Lan (Magnoliophyta) + Đây là ngành thực vật lớn nhất, có đến 300.000 loài, chiếm 4/7 tổng số loài thực vật hiện có trên mặt đất. Chúng rất đa dạng, phân bố rộng rãi và chiếm ưu thế trong giới thực vật. + Ngành thực vật có hoa đóng vai trò quan trọng trong đời sống con người, cung cấp nguồn lương thực thực phẩm chính, nguồn tài nguyên phong phú sử dụng trong nhiều lĩnh vực công nghiệp cũng như y học, dược học, xây dựng. + Về mặt tiến hóa chúng chiếm đỉnhcao nhất trong nấc thang tiến hóa của giới thực vật. Ngoài sự tiến hóa trong các bộ phận của cơ quan dinh dưỡng thì việc xuất hiện hoa là một tính chất đặc trưng và mới nhất của ngành mà các ngành trước đó đều chưa có. Ngoài ra, noãn hình thành được lá noãn bao bọc một cách vững chắc, chống lại mọi điều kiện bất lợi của thiên nhiên đã giúp cho ngành ngày càng phát triển vững chắc.