Bên cạnh những thuận lợi, những khó khăn, hạn chế trong phát triển kinh tế biển của Việt Nam hiện nay là:
- Việc tổ chức đánh bắt xa bờ còn tồn tại nhiều vấn đề về điều tra nguồn lợi, xác định ngư trường, mùa vụ đối tượng đánh bắt, trang bị nghề khai thác, cỡ loại tàu thuyền đối với từng nghề. Các phương tiện đánh bắt cá, đặc biệt là đánh bắt xa bờ còn khá lạc hậu, tàu thuyền công suất thấp. Hệ thống cơ sở hạ tầng, bến cá, chợ cá quy mô còn nhỏ chưa đáp ứng được công tác hậu cần đánh bắt cá quy mô lớn.
- Vấn đề phát triển kinh tế xã hội vùng biển còn khó khăn, trình độ dân trí thấp, chuyển đổi cơ cấu vùng ven biển còn chậm. Trình độ công nghệ trong khai thác, nuôi trồng, chế biến nhìn chung còn lạc hậu, dẫn đến năng suất thấp giá thành cao, khả năng cạnh tranh trong hội nhập còn nhiều khó khăn và thách thức. Công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản còn gặp nhiều khó khăn và hạn chế do ý thức chấp hàng luật pháp của dân chưa cao.
Hoạt động nghiên cứu khoa học và nghiên cứu sản xuất các loài giống thủy sản có giá trị kinh tế cao cũng như áp dụng những thành tựu khoa học thế giới vào sản xuất con giống, thức ăn và các giải pháp phòng trị bệnh còn yếu, nên hiệu quả sản xuất còn hạn chế.
- Hoạt động sản xuất vẫn còn mang tính tự cấp, tự túc, công nghệ sản xuất thô sơ, lạc hậu, sản phẩm tạo ra chất lượng chưa cao. Bên cạnh đó, ngư dân còn gặp nhiều khó khăn do điều kiện địa hình và thủy vực phức tạp, hàng năm có nhiều mưa, bão, lũ gây ra nhiều tổn thất to lớn. Cuộc sống của người dân lao động trong nghề vẫn còn nhiều vất vả, bấp bênh, do đó không tạo được sự gắn kết với nghề.
- Khả năng dự đoán tình hình thời tiết còn thiếu tính chính xác và kịp thời, hơn nữa khả năng truyền thông, truyền tin liên lạc còn khá hạn chế. Bên cạnh đó, công tác phòng vệ bảo đảm an toàn tính mạng của ngư dân đánh bắt xa bờ còn chưa hoàn thiện.
- Thị trường ngày càng khắt khe hơn với yêu cầu vệ sinh và chất lượng cùng với những quy định chặt chẽ về quản lý sẽ là bất lợi đối với Việt Nam. Nguồn lao động tuy đông nhưng trình độ văn hóa kỹ thuật chưa cao, lực lượng được đào tạo chiếm tỷ lệ nhỏ, hầu hết chỉ dựa vào kinh nghiệm, do đó khó theo kịp sự thay đổi của điều kiện tự nhiên và nhu cầu thị trường.
- Hoạt động hỗ trợ vốn vay cho ngư dân còn hạn chế. Việc này gây ra nhiều khó khăn cho người dân trong việc đầu tư vào các phương tiện đánh bắt cá. Bên cạnh đó, tình trạng ép giá hay nói cách khác, giá cả thu mua chưa thực sự phù hợp theo mùa vụ của các doanh nghiệp cũng gây khó dễ cho ngư dân trong việc tìm đầu ra cho sản phẩm với giá cả hợp lý. Công tác bảo hiểm tàu thuyền và bảo hiểm thân thể cho người dân đánh bắt còn nhiều hạn chế.
Thế kỷ XXI được xem là “Thế kỷ của đại dương”, nhiều quốc gia trên thế giới đang hướng mạnh ra biển để phát triển, để hội đủ ba thế mạnh: mạnh về kinh tế biển; mạnh về khoa học biển; và mạnh về thực lực quản lý tổng hợp biển. Việt Nam không phải là ngoại lệ. Việc Ban Chấp hành Trung ương Đảng Khóa X thông qua Nghị quyết 09-NQ/TW ngày 9/2/2007 về Chiến lược biển Việt Nam đến năm 2020 đã cho thấy quyết tâm của Việt Nam đi theo xu hướng trên.
Nghị quyết đã xác định rõ mục tiêu đến năm 2020 Việt Nam phải trở thành quốc gia mạnh về biển, làm giàu từ biển trên cơ sở phát huy mọi tiềm năng từ biển, phát triển toàn diện các ngành, nghề biển với cơ cấu phong phú, hiện đại, tạo ra tốc độ phát triển nhanh, bền vững, hiệu quả cao với tầm nhìn dài hạn.
Để thực hiện thắng lợi Chiến lược biển, cần nâng cao nhận thức về vị trí, vai trò của biển đối với sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc; đẩy mạnh điều tra cơ bản và phát triển khoa học – công nghệ biển; triển khai công tác quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo quốc phòng, an ninh các vùng biển và ven biển; tiếp tục xây dựng đồng bộ khung khổ pháp lý về biển và hệ thống chính sách khuyến khích đầu tư phát triển các lĩnh vực liên quan đến biển và vùng ven biển; tăng cường công tác đối ngoại và hợp tác quốc tế về biển; phát triển nguồn nhân lực và phát triển một số tập đoàn kinh tế mạnh trong lĩnh vực kinh tế biển.
