Từ năm 1906, phong trào Đông Du đi vào hoạt động ngày càng rầm rộ trên cả ba miền đất nước, hàng loạt các tác phẩm của Phan Bội Châu được dịch từ chữ Hán ra chữ Quốc ngữ, gửi về nước. Từ năm 1907-1908 là thời kỳ phong trào Đông Du phát triển mạnh nhất với trên 200 lưu học sinh.Từ sự ủng hộ này mà các thanh niên Việt Nam rất chú tâm vào việc học tập, hy vọng sau này cống hiến cho sự nghiệp giải phóng dân tộc.
Chương trình học tập ở đây khá đa dạng, sáng và trưa dạy tiếng Nhật, “học tri thức phổ thông”, buổi chiều dạy “tri thức quân sự”, đặc biệt là “tập luyện thao tác quân sự”. Khi học sinh Việt Nam vào học trong các trường của Nhật Bản, thì chương trình, quy tắc học ở trường đều do người Nhật quy định, còn ngoài trường đều do ta tự quản lí. Phan Bội Châu và các đồng chí của ông đã lập ra Hội Việt Nam Công Hiến (tháng 10/1907) có chương trình riêng.
Phan Bội Châu làm Tổng lý kiêm Giám đốc và Kỳ ngoại hầu Cường Để làm Chủ tịch Hội. Dưới quyền hành chung của Ban lãnh đạo, Hội được chia ra thành 4 Bộ, mỗi Bộ đảm nhiệm từng mặt hoạt động của lưu học sinh.
- Phan Bội Châu cho rằng độc lập dân tộc là nhiệm vụ cần làm trước để đi tới phú cường. Muốn giành được độc lập thì chỉ có con đường bạo động vũ trang (vì truyền thống của dân tộc ta trong việc đấu tranh giành lại và bảo vệ độc lập dân tộc cũng là đấu tranh vũ trang, các cuộc khởi nghĩa...) nên ông chủ trương lập ra Hội Duy tân với mục đích là lập ra một nước Việt Nam độc lập bằng việc chuẩn bị lực lương, tuyên truyền yêu nước, liên kết quốc tế chống chủ nghĩa đế quốc.
- Phan Bội Châu muốn dựa vào Nhật Bản để giành độc lập vì ông cho rằng: Nhật Bản cùng màu da, cùng văn hóa (đồng văn, đồng chủng), lại đi theo con đường tư bản châu Âu đã giàu mạnh lên, đánh thắng đế quốc Nga và thoát khỏi đế quốc xâm lược nên có thể nhờ cậy được, nên ông quyết định xuất dương sang Nhật (1905) cầu viện.
