Năm 1906, Phan Châu Trinh ra Bắc, liên lạc với Lương Văn Can và các thân sĩ Bắc Hà để lập cơ sở Duy tân ở Bắc (sau đó gần một năm, trường Đông Kinh Nghĩa Thục được thành lập). Ông cũng tìm gặp Đề Thám, sang Quảng Châu gặp Phan Bội Châu rồi cùng sang Nhật quan sát tình hình chính trị và dân trí nước Nhật, khi bàn luận và biết là không cùng chí hướng với Phan Bội Châu, ông về nước, xúc tiến con đường Duy Tân.
Mùa hè năm 1906, Phan Châu Trinh về nước. Việc làm đầu tiên là gửi một bức thư chữ Hán cho toàn quyền Jean Beau vạch trần chế độ phong kiến thối nát, yêu cầu nhà cầm quyền Pháp phải thay đổi thái độ đối với sĩ dân nước Việt và sửa đổi chính sách cai trị để giúp nhân dân Việt từng bước tiến lên văn minh.
Liền theo đó, với phương châm "tự lực khai hóa" và tư tưởng dân quyền, Phan Châu Trinh cùng Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp đi khắp tỉnh Quảng Nam và các tỉnh lân cận để vận động cuộc duy tân. Khẩu hiệu của phong trào lúc bấy giờ là: Khai dân trí, chấn dân khí, hậu dân sinh.
Là bỏ lối học tầm chương trích cú, mở trường dạy chữ Quốc ngữ, kiến thức khoa học thực dụng, bài trừ hủ tục và thói xa hoa...
Làm cho mọi người thức tỉnh tinh thần tự cường, hiểu được quyền lợi của mình, dám tố cáo sự hà hiếp bóc lột của quan lại và sự nhũng lạm của cường hào...
Khuyến khích dân học nghề nghiệp, khai hoang làm vườn, lập hội buôn và sản xuất hàng nội hóa...[8]
Ngoài ra, Phan Châu Trinh còn viết bài Tỉnh quốc hồn ca để kêu gọi mọi người hăng hái duy tân theo hướng dân chủ tư sản[9].
Tuy nhiên, trong quá trình phát triển đã bộc lộ hai khuynh hướng. Một số sĩ phu như Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng chủ trương cải cách ôn hòa, nghị viện. Họ vận động mở trường dạy học, cải đổi phong tục tập quán và lối sống, khuyến khích mở mang công thương. Một số khác như Lê Văn Huân, Nguyễn Đình Kiên thì thiên về khuynh hướng bạo động...
Sau đây là một số hoạt động nổi bật theo khuynh hướng ôn hòa:
Thông qua việc mua bán để tập hợp nhau lại. Tiền kiếm được dùng để mở trường, nuôi thầy, cấp phát sách vở cho học sinh. Vì vậy, việc mua bán này còn được gọi là Quốc thương.
Đáng kể ở Quảng Nam có Hợp thương diên phong của cử nhân Phan Thúc Duyên, hiệu buôn của bang tá Nguyễn Toản. Ở Phan Thiết, có Công ty Liên Thành của Nguyễn Trọng Lội (con danh sĩ Nguyễn Thông). Ở Nghệ An, có Triêu Dương thương quán do Đặng Nguyên Cẩn và Ngô Đức Kế thành lập...
Mở trường dạy học để mở mang dân trí. Các môn học được giảng dạy ở nhiều trường là: Quốc ngữ, toán, cách trí (khoa học thường thức), sử Việt, địa lý, thể dục...Có nơi, còn dạy thêm tiếng Pháp, chữ Hán và võ Việt. Ngoài ra, nhà trường còn là nơi tuyên truyền mở rộng công, thương nghiệp, đẩy mạnh sản xuất, phê phán quan lại, đả phá tập tục lạc hậu, thực hiện đời sống mới...
Đáng kể ở Quảng Nam có trường Diên Phong do Trần Quý Cáp tổ chức, trường Phú Lâm (có một lớp dành riêng cho nữ sinh), trường do Lê Cơ (anh em họ với Phan Châu Trinh) thành lập. Ở Quảng Ngãi, có trường do cử nhân Nguyễn Đình Quảng thành lập tại làng Sung Tích (Sơn Tịnh). Ở Phan Thiết, ngoài Công ty Liên Thành, Nguyễn Trọng Lội còn lập trường tư thục Dục Thanh (1907) rồi giao cho em ruột là Nguyễn Quý Anh làm quản đốc. Ở Bình Thuận, một thư xã (nhà giảng sách) được thành lập (1905) tại đình Phú Tài. Ở Thanh Hóa có Hạc thành thư xã, v.v...
Theo Trung Kỳ dân biến tụng oan thỉ mạt ký do Phan Chu Trinh viết, thì "trong năm 1906, 40 trường dân lập kiểu mới đã được mở ra ở Quảng Nam"...[10] Trường Đông Kinh Nghĩa Thục thành lập tại Hà Nội tháng 3 năm 1907 cũng là nhờ công xúc tiến của ông.
Cuộc vận động cải cách ở miền Trung Việt Nam diễn ra trên nhiều lĩnh vực (nổi bật là hai lĩnh vực vừa nêu trên), được sự hưởng ứng đông đảo của giới sĩ phu và dân chúng, nên ngày càng phát triển mạnh. Bởi vậy, chính quyền thực dân và phong kiến tìm mọi cách ngăn cấm. Như việc tổng đốc Quảng Nam là Hồ Đắc Trung cấm không cho dân chúng tụ tập nghe diễn thuyết, Đặng Nguyên Cẩn đang là đốc học Hà Tĩnh bị đổi vào Bình Thuận (đầu năm 1907), Ngô Đức Kế bị bắt vì án sát Cao Ngọc Lễ vu cho tội mưu loạn, Lê Đình Cẩn bị công sứ Quảng Ngãi xét hỏi nhiều lần...[11]
