Vai trò của vi khuẩn trong tự nhiên: Phân hủy xác động vật, thực vật và các chất thải, trả lại các chất khoáng cho môi trường, từ đó cung cấp nguyên liệu cho các hoạt động sống của các loài sinh vật sau này.
Vi khuẩn có vai trò rất quan trọng tự nhiên, nó giúp phân hủy như lá cây khô rụng, xác động vật... thành chất dinh dưỡng cho cây và những sinh vật sống khác.