Giữa cây Hạt trần và cây Hạt kín có những điểm phân biệt là: + Cơ quan sinh dưỡng: - Cây hạt trần: Rễ cọc, thân gỗ, lá kim. - Cây hạt kín rất đa dạng: Rễ cọc, rễ chùm; thân gỗ, thân cỏ...; lá đơn, lá kép... + Cơ quan sinh sản: - Cây hạt trần: Chưa có hoa và quả, cơ quan sinh sản là nón, hạt nằm trên lá noãn hở - Cây hạt kín: Có hoa , cơ quan sinh sản là hạt, hạt nằm trong quả - Đặc điểm quan trọng nhất: Hạt nằm trong quả (Trước đó là noãn nằm trong bầu) là một ưu thế của cây hạt kín vì nó được bảo vệ tốt hơn.
