Trong quá trình tiến hóa của động vật, các hệ cơ quan được hình thành và hoàn chỉnh dần thông qua quá trình phức tạp hóa, nghĩa là ở các hệ cơ quan có sự hình thành các bộ phận mới.
Các bộ phận này được hoàn thiện dần đảm bảo chức năng sinh lí phức tạp, thích nghi được những điều kiện sống đặc trưng ở mỗi loài.