Đi cùng với tiềm năng, cơ hội phát triển, lĩnh vực phát triển kinh tế biển cũng đang phải đối mặt với nhiều thách thức như: ô nhiễm vùng bờ, phát triển nóng không gian biển, quy hoạch tổng thể.
Ô nhiễm khu vực biển ven bờ
Hiện có từ 70% đến 80% lượng rác thải trên biển có nguồn gốc từ nội địa khi các nhà máy, xí nghiệp, khu công nghiệp, khu dân cư xả nước thải, chất thải rắn không qua xử lý ra các con sông ở vùng đồng bằng ven biển hoặc xả thẳng ra biển. Đơn cử, chỉ riêng trong quá trình nuôi trồng thủy sản cũng làm phát sinh đáng kể lượng chất thải rắn trực tiếp ra biển, nguồn thải chủ yếu là các loại phân bón, thức ăn nhân tạo sử dụng trong nuôi trồng. Bình quân một ha nuôi tôm sẽ thải ra môi trường khoảng 5 tấn chất thải rắn và hàng chục nghìn m3 nước thải trong một vụ nuôi. Với tổng diện tích nuôi tôm hơn 600 nghìn ha, mỗi năm sẽ thải ra môi trường gần 3 triệu tấn chất thải rắn. Cụ thể: Tại các tỉnh từ Quảng Ninh đến Quảng Bình, trên 37.000 ha đã được khai thác đưa vào nuôi trồng thủy sản (chiếm 30-35% diện tích nước mặn lợ). Phần lớn cơ sở đã đi vào nuôi trên quy mô công nghiệp dẫn tới các nơi cư trú sinh vật, bãi đẻ, bãi giống bị hủy diệt, dịch bệnh xuất hiện tràn lan…
