Bởi vì đạo Thiên Chúa có điểm không phù hợp với chính sách cai trị của Trịnh - Nguyễn, đạo thiên Chúa tin rằng còn người là Chúa sinh ra, cũng không đề cao việc thờ cũng tổ tiên, ông bà, xem chúa là bậc cao nhất đại diện đó chính là nhà thờ và cha xứ. Còn chính sách của Trịnh - Nguyễn là đề cao Vua, đống thời Trịnh - Nguyễn cũng sợ những giáo sĩ đó là nội gián vào thu thập thông tin của nước ta để làm cơ sở cho việc tấn công sau này.
