chuỗi polipeptit được tổng hợp ra thường không ở dạng thẳng mà co xoắn hoặc gấp nếp lại, chính vì vậy nó vẫn có mạch thẳng nếu như chuổi polipeptit đó ngắn [cấu trúc bậc 1 của protein] là rất ít.
còn thực tế chuỗi poli rất là dài, chúng co xoắn lại hoặc gấp nếp là do l/kết hydro; hình thành giữa – CO- của aa này với –NH- của aa đứng trước nó 4 gốc aa. [cấu trúc bậc 2].
phức tạp hơn nữa là sự sắp xếp vừa xoắn vừa gấp khúc một cách dày đặc của chuỗi polypeptie nhờ vào các lực tương tác Disulfide (cộng hoá trị) và lực liên kết yếu: Liên kết ion (tĩnh điện, muối) ;Liên kết hydro; Tương tác kỵ nước; Lực Van der Waals