Tại triều đình Huế, sau khi vua Tự Đức mất (7/1883) thì sự phân hóa trong nội bộ đình thần, quan lại nhà Nguyễn càng sâu sắc, triều đình phân hóa thành 2 phe rõ rệt - phe chủ chiến và phe chủ hòa. Phe chủ chiến kiên quyết không khuất phục thực dân Pháp, muốn cứu lấy sự tồn tại của đất nước, của triều đình. Còn phe chủ hòa sẵn sàng quy thuận và hợp tác với Pháp để bảo vệ quyền lợi giai cấp. Đứng đầu phe chủ chiến là Tôn Thất Thuyết. Tôn Thất Thuyết là Thượng thư Bộ binh, nắm giữ quân đội trong tay và là nhân vật quan trọng nhất trong Hội đồng phụ chính. Ngoài ra, Tôn Thất Thuyết còn có liên hệ mật thiết với nhiều thủ lĩnh nghĩa quân chống Pháp. Tôn Thất Thuyết quyết tâm xây dựng, củng cố lực lượng để quyết chiến với thực dân Pháp. Ông cho thành lập một hệ thống sơn phòng từ Quảng Trị đến Ninh Bình và từ Quảng Nam đến Bình Thuận; chiêu mộ thêm nghĩa binh, tăng cường xây dựng đồn lũy. Tại Huế, ông cho củng cố quân đội và lập thêm 2 đạo quân đặc biệt - Phấn Nghĩa quân và Đoàn Kiệt quân. Đây là đội quân cơ động, tinh nhuệ trong các cuộc đối đầu với Pháp và bảo vệ vua cùng Hội đồng phụ chính.

Ngày 31/07/1884, Tôn Thất Thuyết cho phế truất vua Kiến Phúc - một ông vua có tư tưởng thân Pháp - và đưa Ưng Lịch mới 14 tuổi lên ngôi, lấy hiệu là Hàm Nghi.

Cuối năm 1884, giữa lúc quân Pháp đang khốn đốn ở Bắc Kỳ, phe chủ chiến ở Huế, cầm đầu là Tôn Thất Thuyết, lấy danh nghĩa vua Hàm Nghi phản đối việc 300 quân Pháp kéo vào Huế lập căn cứ Mang Cá ngay trong Hoàng thành. Đáp lại Pháp cho tăng thêm số quân đóng ở Mang Cá lên hàng ngàn tên.

Tôn Thất Thuyết huy động số quân còn lại ở các địa phương tập trung về Huế, bí mật tổ chức một cuộc phản công. Dò biết tình hình, ngày 27/06/1885, De Courcy (tổng chỉ huy vừa được cử sang) đem 4 đại đội và 2 tàu chiến từ Hải Phòng vào thẳng Huế nhằm loại trừ phe chủ chiến, dự định bắt cóc Tôn Thất Thuyết.

Ngày 02/07/1885, De Courcy đến Thuận An, lên Huế, yêu cầu Hội đồng phụ chính đến hội thương. Tôn Thất Thuyết cáo bệnh không đến, gấp rút chấn chỉnh quân sĩ, đào hào đắp lũy trong thành, bố trí hai đạo quân đặc biệt phòng thủ hoàng thành, nhằm giành thế chủ động trước khi De Courcy bày đặt việc triều yết vua Hàm Nghi để đột nhập hoàng thành.

Đêm 04/07/1885, giữa lúc De Courcy đang dự tiệc ở sứ quán bên kia sông Hương và bàn kế đột nhập thành Huế thì Tôn Thất Thuyết bí mật chia quân làm hai cánh. Cánh thứ nhất (do Tôn Thất Lệ chỉ huy) có nhiệm vụ tấn công sứ quán Pháp. Cánh thứ hai (do Tôn Thất Thuyết đích thân chỉ huy) sẽ đánh úp tiêu diệt toàn bộ lính Pháp ở đồn Mang Cá. Biết trước âm mưu của giặc nên mặc dù việc chuẩn bị chưa thật đầy đủ, Tôn Thất Thuyết vẫn nổ súng trước nhằm giành thế chủ động cho cuộc tấn công. Đúng 1 giờ sáng ngày 05/07/1885,trong cảnh khuya vắng lặng của kinh thành Huế. Bỗng có tiếng súng thần công nổ rầm trời. Lệnh phát hỏa vừa dứt, đồn Mang Cá bốc cháy, quân ta đột nhập đồn, lính Pháp rối loạn, vài sĩ quan bị thương, bị chết. Đồng thời sứ quán Pháp bên kia sông Hương cũng bị tấn công, các trại lính địch bốc cháy dữ dội. De Courcy đối phó cầm chừng, chờ sáng. Trại Mang Cá, lợi dụng quân ta chuyển hướng tấn công sang sứ quán, địch kéo 3 đội quân vào chiếm thành Huế, đốt phá dinh thự, tàn sát dân chúng, vượt qua các ổ phục kích lọt được vào hoàng thành. Quân Pháp đã trắng trợn cướp bóc của cải và tàn sát vô cùng dã man nhiều người dân vô tội trên đường tiến quân. Trong ngày hôm đó, hầu như nhà nào cũng có người bị giết. Do đó từ đấy về sau, hàng năm nhân dân Huế đã lấy ngày 23/5 Âm lịch làm ngày giỗ chung. Sáng mùng 5/7, Tôn Thất Thuyết đã đưa vua Hàm Nghi cùng đoàn tùy tùng đời kinh đô Huế chạy ra sơn phòng Tân Sở (Quàng Trị). Tại đây, ngày 13/07/1885, Tôn Thất Thuyết, lấy danh nghĩa vua Hàm Nghi, đã hạ chiếu Cần Vương lần thứ nhất. Ở Quảng Trị một thời gian, để tránh sự truy lùng gắt gao của quân Pháp, Tôn Thất Thuyết lại đưa Hàm Nghi vượt qua đất Lào đến sơn phòng Ấu Sơn (Hương Khê, Hà Tĩnh). Tại đây, Hàm Nghi lại xuống chiếu Cần Vương lần hai ngày 20/09/1885.

Hai tờ chiếu này tập trung tố cáo âm mưu xâm lược Việt Nam của thực dân Pháp, đồng thời kêu gọi sĩ phu, văn thân và nhân dân cả nước đứng lên kháng chiến giúp vua bảo vệ quê hương đất nước.

Mặc dù diễn ra dưới danh nghĩa Cần Vương, thực tế đây là một phong trào đấu tranh yêu nước chống Pháp xâm lược của nhân dân ta. Trong thời kì này, hoàn toàn vắng mặt sự tham gia của quân đội triều đình. Lãnh đạo các cuộc khởi nghĩa Cần Vương không phải là các võ quan triều Nguyễn như trong thời kì đầu chống Pháp, mà là các sĩ phu văn thân yêu nước có chung một nỗi đau mất nước với quần chúng lao động, nên đã tự nguyện đứng về phía nhân dân chống Pháp xâm lược. Phong trào Cần Vương bùng nổ từ sau sự biến kinh thành Huế vào đầu tháng 7 năm 1885 và phát triển qua hai giai đoạn:

- Giai đoạn thứ nhất từ lúc có chiếu Cần Vương đến khi vua Hàm Nghi bị bắt (11-1888)

- Giai đoạn thứ hai kéo dài tới khi khởi nghĩa Hương Sơn thất bại (1896).

Cần vương mang nghĩa "giúp vua". Trong lịch sử Việt Nam, trước thời nhà Nguyễn từng có những lực lượng nhân danh giúp nhà vua phát sinh như thời Lê sơ, các cánh quân hưởng ứng lời kêu gọi của vua Lê Chiêu Tông chống lại quyền thần Mạc Đăng Dung. Tuy nhiên phong trào này không để lại nhiều dấu ấn và khi nhắc tới Cần Vương thường được hiểu là phong trào chống Pháp xâm lược.

Phong trào thu hút được một số các quan lại trong triều đình và văn thân. Ngoài ra, phong trào còn thu hút đông đảo các tầng lớp sĩ phu yêu nước thời bấy giờ. Phong trào Cần vương thực chất đã trở thành một hệ thống các cuộc khởi nghĩa vũ trang trên khắp cả nước, hưởng ứng chiếu Cần Vương của vua Hàm Nghi, kéo dài từ 1885 cho đến 1896