Từ năm 1511, các cuộc khởi nghĩa nổ ra ở nhiều nơi trong nước : khởi nghĩa Trần Tuân (cuối năm 1511) ở Sơn Tây (Hà Nội). Nghĩa quân có đến hàng vạn người, đã từng tiến về Từ Liêm (Hà Nội) uy hiếp kinh thành Thăng Long. Khởi nghĩa Lê Hy, Trịnh Hưng (năm 1512) ở Nghệ An và phát triển ra Thanh Hoá. Khởi nghĩa Phùng Chương (năm 1515) ở vùng núi Tam Đảo v.v.