Triều đình nhà Nguyễn (vua Tự Đức) một mặt đưa quân vào Đà Nẵng chống đỡ, một mặt tích cực tiến hành công tác tổ chức phòng thủ các cửa ải, cửa biển trên đất Thừa Thiên và kinh đô Huế, tổ chức tập trận nhằm đảm bảo sức chống đỡ của kinh đô một khi quân Pháp tiến đánh.

Trong bối cảnh ấy, quân và dân Thừa Thiên ra sức, đồng lòng chống giặc. Từ Huế 2.000 Cấm binh, 200 lính Vũ lâm, 400 lính các vệ ở Hải Vân quan vào Đà Nẵng đánh Pháp. Ngoài ra, triều đình Huế còn lệnh cho quan phủ Thừa Thiên chiêu mộ binh lính lập quân Chiến tâm. Tháng 12/1858, quân Chiến tâm được đổi thành vệ Nghĩa dũng, tăng cường vào Quảng Nam đánh giặc.

Sau 18 tháng tiến công vào Đà Nẵng nhưng không đạt mục tiêu tiến sâu vào nội địa, ngày 23/3/1860, liên quân Pháp - Tây Ban Nha phải rút hết lực lượng đưa quân vào tiến đánh phía Nam.

Tuy đuổi được quân Pháp - Tây Ban Nha ra khỏi Đà Nẵng, nhưng sau đó quan quân triều đình không phát huy được sức mạnh giữ nước ở mặt trận phía Nam, nên từ năm 1860 đến 1862, các tỉnh Gia Định, Biên Hòa, Định Tường và Vĩnh Long lần lượt thất thủ. Trước sức ép của quân Pháp, triều đình Huế đã đồng ý ký hiệp ước Nhâm Tuất (1862) với 12 khoản, cắt ba tỉnh miền Đông Nam kỳ (Gia Định, Biên Hòa, Định Tường) và quần đảo Côn Lôn cho Pháp.

Nhân dân Thừa Thiên Huế cũng như nhân dân cả nước vô cùng phản đối sự nhân nhượng, cắt đất cho giặc của triều đình nhà Nguyễn. Nguy cơ mất nước đang trở thành mối đe dọa hết sức nặng nề.

Việc mất 3 tỉnh miền đông Nam Kỳ đã phô bày sự yếu kém về nhiều mặt của đất nước và năng lực hạn chế của triều Nguyễn. Trong bối cảnh đó, những người Việt Nam có tri thức và tâm huyết cứu nước rất muốn thực hiện việc canh tân đất nước nhằm tạo thực lực, đẩy mạnh tự cường đưa đất nước thoát khỏi nạn ngoại xâm.

Huế với vị trí là Kinh đô của cả nước, mặc nhiên trở thành trung tâm của trào lưu canh tân đất nước - nơi những nhà cải cách khắp đất nước cũng như ở tại địa phương tập trung để bàn luận, trao đổi tân thư, soạn thảo và dâng các bản kiến nghị cách tân lên triều đình Huế. Các bản kiến nghị đề cập canh tân đến nhiều lĩnh vực: kinh tế, chính trị, quân sự, quốc phòng, pháp luật, văn hóa giáo dục... Thành phần đề xướng trào lưu cải cách khá đa dạng từ người Thiên chúa giáo, người có học bình thường, nho sĩ, người đỗ đạt, quan lại bị cách chức..., Ở Thừa Thiên Huế nổi bật có Đặng Huy Trứ và Nguyễn Lộ Trạch.

Tuy nhiên, triều đình Huế đã không thực hiện cải cách trên quy mô lớn, rất rụt rè và mang tính thăm dò, tiến hành cải cách rời rạc, cấp thời, chiếu lệ và không triệt để. Hệ quả là cả trào lưu canh tân và công cuộc cải cách của triều đình Huế đi đến thất bại hoàn toàn.

Sự biến động về chính trị kéo theo những biến đổi về kinh tế, văn hóa, giáo dục ở Thừa Thiên Huế.

Về kinh tế, triểu đình khuyến khích phát triển nông nghiệp, khai hoang, trị thủy nhằm đẩy mạnh sản xuất, tích trữ lúa gạo tại chỗ đối phó với tình trạng không thể vận chuyển lúa gạo từ trong Nam ra (năm 1860, Pháp đánh chiếm miền Nam). Đầu tư vào một số ngành nghề như trồng dâu nuôi tằm, công nghiệp khai khoáng. Nhà nước còn chú trọng đến giao thông vận tải, phát triển thương nghiệp, thương càng Bao Vinh của Huế thời bấy giờ đã được Dutreuil de Rhins ghi lại trong sách Vương quốc An Nam và người An Nam như sau: “Nhiều thuyền An Nam và Tàu chen chật trên sông hẹp và sâu. Dưới các lớp chiếu và lớp lá đậy các khoang thuyền là các loại hàng rẻ tiền là tiêu, lụa, ngà voi, đường, quế, đậu khấu, sa nhân chàm, thuốc lá, trà, thuốc phiện lậu, vải, đồ sành, các thứ mỹ nghệ bằng ngà voi, bằng bạc, bằng đồng đen, vũ khí, bàn ghế được chạm trổ hoặc cẩn xà cừ”.

Về văn hóa, giáo dục, bên cạnh sự phát triển của Nho học truyền thống, lối học thực dụng bắt đầu được nhà nước chú trọng, nhà nước khuyến khích học ngoại ngữ, kỹ thuật phương Tây, xuất dương du học. Tuyển dụng võ quan bằng cách mở khoa thi Tiến sĩ võ. Xây dựng đền thờ, tổ chức cúng tế cho những tấm gương trung hiếu tiết nghĩa, ghi nhớ những người bỏ mình vì việc nước.

Tuy nhiên, đời sống của nhân dân Thừa Thiên Huế thời kỳ này vẫn không khá hơn, dịch bệnh bùng phát liên tục, thiên tai xảy ra liên miên kèm theo mất mùa đói kém khiến cho loạn lạc, cướp bóc hoành hành. Lại thêm nạn quan lại và một số hoàng thân ỷ thế bức hiếp hãm hại nhân dân, đặc biệt là thái độ bạc nhược, thỏa hiệp của triều Nguyễn trước thực dân Pháp kể từ hiệp ước 1862, nên làn sóng chống đối triều đình Huế ngày càng dâng cao, tạo nên nhiều cuộc khởi nghĩa trong cả nước, mà đỉnh cao của phong trào chống đối triều Nguyễn trong giai đoạn này là cuộc khởi nghĩa “Chày Vôi” do Đoàn Hữu Trưng lãnh đạo trên đất Thừa Thiên Huế.

Sau Hiệp ước Nhâm Tuất (1862), triều đình Huế lại tiếp tiếp tục sai lầm khi dùng chính sách ngoại giao nhằm lấy lại ba tỉnh miền Đông Nam Bộ, thái độ ôn hòa của triều Nguyễn trong vấn đề giữ nước là một trong những nguyên nhân thúc đẩy thực dân Pháp mở rộng chiếm đóng lãnh thổ. Năm 1867, thực dân Pháp chiếm ba tỉnh miền Tây là Vĩnh Long, An Giang, Hà Tiên mà triều đình Huế gần như không có phản ứng quân sự nào.

Vừa bị thực dân Pháp gây áp lực ở miền Nam, triều đình Huế còn phải đối phó với các cuộc khởi nghĩa nông dân, các toán giặc cướp người Hoa ở Bắc Kỳ và đã phải cầu viện nhà Thanh sang dẹp loạn. Chính sự rối loạn ở miền Bắc đã tạo điều kiện cho thực dân Pháp đem quân ra Hà Nội can thiệp, và thực hiện đánh chiếm Bắc kỳ lần thứ nhất năm 1873. Vì nhiều lý do không cho phép đánh chiếm bằng quân sự vào lúc này, cộng với các cuộc thương thuyết của triều Nguyễn, thực dân Pháp đi đến ký kết với triều đình Huế Hiệp ước Giáp Tuất (15/3/1874). Từ sau Hiệp ước Giáp Tuất, triều đình Huế buộc phải công nhận chủ quyền của Pháp ở toàn bộ các tỉnh miền Nam và càng bị ràng buộc nhiều hơn về mặt ngoại giao vào thực dân Pháp.

Ý đồ mở rộng địa bàn đánh chiếm và áp lực ngoại giao ngày càng nặng nề của thực dân Pháp đã uy hiếp ngay cả vùng đất kinh đô Huế, buộc triều đình Huế phải tăng cường phòng bị để bảo vệ sự sống còn của mình.

Chính sách hòa hoãn, thương thuyết qua con đường ngoại giao của triều đình Huế không thể ngăn thực dân Pháp tấn công Bắc Kỳ lần thứ hai. Ngày 25/1/1882 chúng tấn công Hà Nội. Hà Thành thất thủ. Thừa thế chúng đánh chiếm Sơn Tây, Bắc Ninh, Thái Nguyên, Tuyên Quang.

Sau khi thành Hà Nội thất thủ, nhiều quan lại ủng hộ Tôn Thất Thuyết xin đánh Pháp nhưng vua Tự Đức và đình thần trong Cơ Mật viện không đồng ý mà tiếp tục duy trì chính sách thương lượng để xin lại thành Hà Nội.

Ngày 27/3/1883, thành Nam Định rơi vào tay Pháp, triều đình Huế bắt đầu thay đổi thái độ, tăng cường phòng bị ở cảng Thuận An cùng kinh đô và chủ trương tiến quân đánh Pháp ở Bắc Kỳ. Khí thế chống Pháp sôi sục của triều đình và nhân dân Huế đã khiến cho đặc phái viên của Pháp là Rheinart hoảng sợ cuốn cờ rút chạy vào Gia Định. Quân Pháp ở Hà Nội bị công kích liên tục và đại bại trong trận cầu Giấy ngày 19/5/1883. Thống đốc Pháp ở Nam Kỳ trục xuất phái đoàn thương thuyết của triều đình Huế, chính phủ Pháp quyết định tăng cường quân đội để nắm lấy bằng được Bắc Kỳ.

Giữa lúc vận nước đang đứng ở bờ vực thẳm thì triều đình Huế đã diễn ra việc phế lập. Tự Ðức mất ngày 19/7/1883. Phái chủ hòa trong triều đình muốn lập Thụy quốc công Dục Ðức. Phái chủ chiến Tôn Thất Thuyết cầm đầu đưa Lãng quốc công Hồng Dật lên ngôi lấy niên hiệu Hiệp Hòa.

Việc đưa vua Hiệp Hòa lên ngôi là hành động có tính toán của triều đình Huế, ở buổi ban đầu, vua Hiệp Hòa thỏa mãn một số yếu cầu về công cuộc chống Pháp mà phái chủ chiến mong muốn. Nhưng quyền lực thực sự chưa lọt vào tay những người chủ chiến, bởi vua hiệp Hòa vẫn là người nắm quyền quyết định và có chính kiến riêng của mình. Đó chính là tiền đề dẫn đến những biến động chính trị trong nội bộ triều đình Huế ở giai đoạn sau.

Công cuộc chống Pháp, bảo vệ độc lập dân tộc ở Thừa Thiên Huế (1883 – 1885)

Thực dân Pháp đánh hơi thấy ngay sự hỗn loạn của việc phế lập trong triều, lại giữa lúc viện binh của chúng sang đầy đủ, chúng muốn đánh một đòn quyết định để chấm dứt chiến tranh xâm lược. Ðoán được mưu đồ của giặc, phái chủ chiến đã tăng cường phòng thủ cửa bể Thuận An, và đắp vật cản trên sông Hương. Hệ thống phòng thủ ở Thuận An bấy giờ có tất cả 13 pháo đài, hai cửa đặt hai pháo đài chính. Trước cửa sông Hương có đặt thêm nhiều đại bác.
 
Sáng 17/8/1883 địch từ Ðà Nẵng rầm rộ kéo ra Thuận An với lực lượng gồm 8 tàu chiến và 800 quân (600 lính thủy quân lục chiến, 100 lính tập và 100 phu). Từ soái hạm Le Bayard, tướng Pháp Courbet gửi tối hậu thư buộc triều đình Huế giao toàn bộ hệ thống phòng thủ cửa biển Thuận An không điều kiện trong vòng 24 giờ. Bị từ chối, 16h30 ngày 18/8/1883 thực dân Pháp bắt đầu nã pháo vào đồn binh ta. Quân triều đình cũng bắn trả lại. Hai bên giao tranh đến 20h mới ngừng.

Ngày 19/8/1883, thời tiết xấu và biển động gây bất lợi cho quân Pháp. Nhân cơ hội đó các khẩu đội pháo của quân triều đình đã tấn công trước, tạo thế áp đảo quân Pháp, tàu chiến Pháp chỉ bắn trả chứ không chủ động tấn công. Quân triều đình có thêm thời gian củng cố các công sự chiến đấu và bổ sung pháo thủ.

Nhưng do sức mạnh áp đảo về quân sự, nên sáng ngày 20/3/1883 quân Pháp đã tổ chức lại quân đội và bắn pháo cho tới chiều, rồi cho hơn 1.000 quân đổ bộ. Các đồn binh lần lượt thất thủ, đến tối quân Pháp chiếm được Thuận An.

Các quan đồn trú Thuận An là Lê Sỹ, Lê Chuẩn đều tử trận, Lâm Hoàng và Nguyễn Trung đã tự vẫn.

Trong trận đánh bảo vệ cửa ngõ Kinh đô Huế ở cửa Thuận An, lực lượng quân Triều đình hy sinh đến hàng trăm người, tập trung chủ yếu ở trận phòng thủ Trấn Hải. Những chiến sĩ phòng vệ Thuận An đã nằm xuống trong giờ phút cuối cùng của nền độc lập dân tộc dưới thời nhà Nguyễn, trong tư thế của những người anh hùng quyết tâm chống Pháp, đem thân mình đền nợ nước.

Nghe tin Thuận An thất thủ, vua Hiệp Hòa vô cùng lo sợ đã vội vã cử người đến xin đình chiến và buộc những người chủ chiến rút khỏi các đồn binh và nhổ vật cản trên sông Hương. Quyết định nghị hòa của vua Hiệp Hòa tạo ra sự bất mãn trong hàng ngũ quan quân chủ chiến, nhưng họ đành bất lực. Tôn Thất Thuyết phản ứng bằng cách đem cờ và Ngự bài binh sự trả lại cho nhà vua, còn Ông ích Khiêm thì hậm hực triệt quân bản bộ (chừng 700 người).

Thuận An thất thủ, triều đình Huế phải ký vào hòa ước Harmand ngày 25/8/1883, gồm 27 điều khoản công nhận sự bảo hộ của Pháp trên toàn cõi Việt Nam, và người Pháp có quyền kiểm soát về mặt ngoại giao của triều đình. Việt Nam chính thức chia làm ba kỳ với ba chế độ lệ thuộc khác nhau.

Với bản hiệp định này, thực dân Pháp những mong nhân dân ta hạ khí giới đầu hàng chúng. Nhưng, nhân dân cả nước vẫn không buông vũ khí, ngay trong triều đình Tôn Thất Thuyết và phái chủ chiến vẫn nung nấu ý chí đánh Pháp.

Chấp nhận ký hiệp ước Harmand, vua Hiệp Hòa đã đi chệnh đường lối giữ nước của những người chủ chiến và nguyện vọng của nhân dân, nên đã bị phế truất sau 4 tháng trên ngai vàng. Chủ trương hòa nghị và đầu hàng của vua Hiệp Hòa đã suýt biến triều đình Huế thành guồng máy cai trị thân Pháp, nhưng nỗ lực của Tôn Thất Thuyết và phái chủ chiến đã kịp thời chặn đứng nguy cơ đó.

Vua Kiến Phúc lên ngôi ngày 2/12/1883, tạo điều kiện cho phái chủ chiến củng cố thế lực, tăng cường sức mạnh quân sự ở các tỉnh và kinh đô, củng cố và xây dựng hệ thống sơn phòng ở các tỉnh miền Trung và các tỉnh phía Bắc. Việc chuẩn bị chống Pháp dưới triều vua Kiến Phúc tuy chưa tạo được sự thay đổi đáng kể trong tương quan lực lượng giữa thực dân Pháp và nhân dân Việt Nam, nhưng dẫu sao đó cũng là tiền đề hết sức cơ bản và thuận lợi, khẳng định lập trường chống Pháp của phái chủ chiến và triều đình Huế trước nhân dân.

Phản ứng cứng rắn của phái chủ chiến dưới thời vua Kiến Phúc, đã đưa đến tình trạng đối đầu gay gắt giữa triều đình với đại diện của thực dân Pháp. Để giảm bớt sự đối đầu đó, chính phủ Pháp phải đưa ra chủ trương sửa đổi một số nội dung của hiệp ước Harmand. Công sứ Pháp ở Trung Quốc là Patenôtre và Rheinart đến Huế, triều đình cử Thượng thư bộ Hộ Phạm Thận Duật làm Toàn quyền, Tham trị Bộ Công Tôn Thất Phan làm phó để thương thuyết.

Ngày 6/6/1884, hai bên ký vào Hiệp ước Patennôtre gồm 19 điều khoản. Hiệp ước đánh dấu sự công nhận địa vị thống trị của thực dân Pháp tại Việt Nam, chủ quyền của triều đình Huế chuẩn bị mất vào tay thực dân Pháp, giai đoạn độc lập của triều đình phong kiến nhà Nguyễn sắp đến hồi kết thúc. Tuy nhiên, phái chủ chiến dưới thời vua Kiến Phúc đã tận dụng mọi khả năng để đấu tranh đến cùng. Chính sự đấu tranh quyết liệt của phái chủ chiến đã dẫn đến kết quả ranh giới Trung kỳ kéo đến tận đất Biên Hòa trong Nam và giáp đất Ninh Bình ở ngoài Bắc. Triều đình Huế chỉ thừa nhận Pháp là người bảo trợ chứ không phải được quyền bảo hộ.

Quyền lực của phái chủ chiến trong triều đình Huế dưới thời Kiến Phúc đang diễn biến thuận lợi thì vào đêm 31/7/1884, sau vài tháng lâm bệnh nhà vua đã qua đời.
Ngày 2/8/1884, Ưng Lịch lên ngôi lấy niên hiệu Hàm Nghi. Việc lên ngôi tuy được che đậy dưới danh nghĩa là có di chiếu của vua Kiến Phúc, nhưng thực chất là xuất phát từ chủ trương của phái chủ chiến, đứng đầu là Phụ chính đại thần, kiêm Thương thư bộ Binh Tôn Thất Thuyết. Hành động đó vấp phải sự phản ứng quyết liệt của ngườ Pháp và cũng không tránh khỏi sự đả kích của các phần tử thân Pháp trong nội bộ Hoàng tộc. Nhưng trước sự cứng rắn của phái chủ chiến, phía Pháp buộc phải chấp nhận.
Dựa vào thắng lợi đạt được qua việc giữ vững ngôi vị của vua Hàm Nghi, Tôn Thất Thuyết và phái chủ chiến một mặt đẩy mạnh công tác chuẩn bị lực lượng quân sự, trấn áp những phần tử thân Pháp trong triều đình, kích động tinh thần chống Pháp, mặt khác lại ra sức đấu tranh với Pháp để đòi hỏi chủ quyền của triều đình, tìm cách trì hoãn việc thi hành Hiệp định Patenôtre.

Mâu thuẫn giữa phái chủ chiến và phía Pháp không ngừng căng thẳng, chính phủ Pháp quyết định cử Trung tướng Ruossel de Cuorcy sang Việt Nam với những quyền hành hết sức rộng rãi để đối phó với thái độ cứng rắn của triều đình vua Hàm Nghi. Tôn Thất Thuyết và những người cộng sự của ông trong triều đình cũng ý thức được cuộc đối đầu với Pháp sắp sửa bùng nổ.

De Cuorcy sau khi nắm rõ tình hình tại Việt Nam đã quyết định chọn Huế làm điểm mở đầu cho kế hoạch bình định của mình.

Ngày 2/7/1885, De Cuorcy đã mang 3 đại đội bộ binh, 01 phân đội lính bộ truy kích, 01 đội kèn, tổng cộng 19 sỹ quan, 1.024 lính và 2 tàu chiến đến cảng Thuận An - Huế. Ngày 3/7/1885, De Courcy yêu cầu hội kiến với các Thượng thư của Triều đình Huế và Cơ Mật viện để bàn chi tiết lễ chuyển giao hiệp ước Patenôtre, đồng thời nhân cơ hội này để bắt Tôn Thất Thuyết. Nhưng âm mưu của De Courcy bị lộ, Tôn Thất Thuyết cáo ốm không có mặt. Do âm mưu bắt Tôn Thất Thuyết không thành, De Courcy liền đưa yêu sách trắng trợn là đòi triều đình Huế nội trong ba ngày phải nộp tiền chiến phí. Sự khiêu khích của Pháp đối với triều đình Hàm Nghi đã đến cực điểm. Không thể ngồi khoanh tay chịu nhục, Tôn Thất Thuyết quyết định hành động. ông đã chủ động tấn công trước không cho địch khởi hấn.

Nửa đêm ngày 4 tháng 7 năm 1885, ông mật chia quân doanh làm hai đạo. Một đạo do Tôn Thất Lệ, em ruột ông chỉ huy vượt sông Hương đánh úp Tòa Sứ Pháp. Còn ông sẽ chỉ huy đạo thứ hai đánh úp doanh trại Pháp ở trấn Bình Ðài (Mang Cá). Một giờ sáng ngày 5 tháng 7 năm 1885 Tôn Thất Thuyết hạ lệnh nổ súng vào Trấn Bình Ðài.
 Tiếng đại bác nổ vang trời dậy đất. Quân giặc ở Bình Ðài phút đầu vô cùng hoảng hốt, nhưng sau chúng đã củng cố lại được và cố thủ đợi trời sáng. Thấy đồn giặc không một phản ứng, những người chủ chiến tưởng chúng đã chết nên chuyển làn bắn qua bên kia sông, yểm trợ cho đạo quân Tôn Thất Lệ tấn công Tòa Sứ.

Quân ta đã bất ngờ tấn công vào nhượng địa Pháp, đánh nhau giáp lá cà với địch. Quân Pháp vô cùng hoảng loạn. Chúng tập trung toàn bộ lực lượng để bảo vệ kho đạn và bưu điện. De Courcy khẩn thiết xin viện binh từ ngoài Hải Phòng vào.

Ðến gần sáng, quân Pháp củng cố được đội ngũ và phản kích trở lại. Cuộc chiến đấu diễn ra ác liệt ở trong Thành nội. 9 giờ sáng ngày 5/7/1885, Hoàng thành thất thủ, quân Pháp hoàn toàn làm chủ tình thế. Hữu quân đô thống Hồ Văn Hiến và Nguyễn Văn Tường rước vua Hàm Nghi và ba quân rút ra khỏi kinh thành ở cửa Tây Nam. Hậu quân bảo vệ xa giá là Tôn Thất Thuyết. Quân hộ tống xa giá gặp bộ phận đón của Tôn Thất Lệ ở Trường Thi (La Chữ) tổng cộng có hơn 100 người.

Chiếm được Kinh thành, quân Pháp ra sức đốt phá, cướp bóc, bắn giết. Tất cả các của quý trong Hoàng cung đều bị vét sạch. Bộ Binh và Bộ Lại của Tôn Thất Thuyết bị đốt phá tan hoang.

Tuy chiếm được Kinh thành, nhưng đây không phải là mục đích của thực dân Pháp. Cho nên, "sự thật là sau khi thắng trận, ông (chỉ De Courcy -TG) bối rối vô cùng vì cuộc đổ máu ngày 5 tháng 7 đã biến đổi tất cả ở xứ An Nam. Vị vua trẻ tuổi đã rời bỏ kinh thành, ở Huế không còn chính phủ, chính quyền, không còn ai có thể thi hành điều ước liên kết mà ta đã ký kết với xứ An Nam".

Ngược lại, Tôn Thất Thuyết tuy thất bại trong việc tiêu diệt quân Pháp ở Kinh thành, nhưng lại làm cho điều sợ hãi nhất của thực dân Pháp biến thành sự thật - dưới danh nghĩa vua Hàm Nghi ông đã tổ chức một cuộc kháng chiến chống Pháp rộng lớn trên cả nước với tên gọi phong trào Cần Vương.

Từ ngày 18/8/1883 đến ngày 5/7/1885, là giai đoạn nhân dân Thừa Thiên Huế và triều đình nhà Nguyễn trực tiếp đối đầu với lực lượng quân đội xâm lược Pháp ngay trên đất kinh đô Huế. Tuy chỉ rất ngắn ngủi về mặt thời gian, song đây là giai đoạn kết thúc sự tồn vong của nền độc lập dân tộc nói chung, của Thừa Thiên Huế nói riêng vào cuối thế kỷ XIX