Năm 1442, bởi sự ganh ghét và gièm pha độc địa của những kẻ bất tài thất đức, đồng thời, cũng bởi mưu đồ đê hèn của phe cánh bà Thái Hậu Nguyễn Thị Anh, Nguyễn Trãi đã bị tru di tam tộc. Đó là vụ án thảm khốc nhất trong lịch sử nước ta. Dù về sau, Hoàng Đế Lê Thánh Tông (1460–1497) đã xuống chiếu minh oan cho Nguyễn Trãi, song, thiên hạ vẫn không ngớt tìm cách cắt nghĩa nỗi oan khuất này theo sự tưởng tượng riêng của mình. Câu chuyện vì thế mà ngày một ly kỳ. Dưới đây là một trong những chuyện ly kỳ mà sách Tang thương ngẫu lục đã ghi lại: “Xưa, khi đánh nhau với quân Minh ở núi Mã Yên, ta bắt được quan Thượng Thư của nhà Minh là Hoàng Phúc. Hoàng Phúc giỏi thuật phong thủy, từng đi khắp nước ta để xem các kiểu đất, xong thì ghi lại đầy đủ. Đến đây, Hoàng Phúc bị bắt, Nguyễn Trãi cũng coi là tù binh, đối đãi không cần giữ lễ. Hoàng Phúc thấy vậy, cười mà nói rằng :
- Mồ mả tổ tiên nhà tôi vì có Xá Văn Tinh nên dù có gặp nạn đi nữa, bất quá cũng chỉ trong vòng trăm ngày mà thôi, chẳng như mồ mả tổ tiên nhà ông, sau tất có vạ lớn, phải bị tru diệt.
Nguyễn Trãi không tin. Sau, Hoàng Phúc được tha cho về, còn như Nguyễn Trãi thì vì Thị Lộ mà bị mắc nạn. Người đời sau đều cho là ứng nghiệm. Nay xét mồ mả tổ tiên ông tại làng Nhị Khê thì huyệt táng giữa khu ruộng bằng phẳng. Người thì nói rằng đó là kiểu đất tướng quân mở cờ, kẻ lại bảo đó là kiểu đất tướng quân cụt đầu, bởi vì ở hướng Nam của mả có cái gò hình con rùa quay đuôi lại. Bản Kiểm ký của Hoàng Phúc có ghi rằng: Nhị Khê mạch đoản, họa thảm tru di, tức là khu đất này. Tương truyền, khi còn chưa được hiển đạt, ông dạy học trò ở làng Nhị Khê. Một hôm, ông trỏ cái gò nhỏ ngoài đồng và bảo học trò rằng:
- Ngày mai các anh ra phạt cỏ gò ấy để lấy đất dựng nhà mà học.
Học trò vâng lời. Tảng sáng hôm sau, ông mơ thấy một người đàn bà tới nói với ông rằng:
- Tôi còn yếu người và con thì còn nhỏ, xin ông hãy thư thư cho vài ba bữa để tôi còn kịp dọn đi nơi khác. Tỉnh dậy, ông vội chạy ra đồng xem thì học trò đã dọn gò đất xong rồi. Họ bắt được hai quả trứng rắn. Ông hỏi thì họ nói:
- Vừa rồi thấy có con rắn, chúng con đánh nó cụt đuôi và nó đã chạy mất.
Ông cầm hai quả trứng rắn đem về cất giữ. Đêm đêm chong đèn đọc sách thì có con rắn trắng bò trên xà nhà, máu từ đuôi nó chảy xuống, rơi đúng chữ đại nghĩa là đời, thấm ướt đến ba tờ giấy liền. Ông tự hiểu và than rằng:
- Nó sẽ báo oán ta đến ba đời.
Hai trứng rắn nở ra được hai con, một dài một ngắn, ông sai đem thả xuống sông Tô Lịch ở làng bên. Nay, những rắn ấy đều được tôn làm thần sông.
Sau khi đã hiển đạt, hàng ngày từ triều về, qua phố hàng chiếu ông vẫn thường gặp một người con gái nhan sắc râæt mặn mà. Hai bên dùng thơ vui đùa, rồi yêu mến nhau, ông cưới cô gái ấy về làm thiếp. Trong năm Thiệu Bình , người con gái ấy được ra vào nơi cung cấm, được Hoàng Đế Lê Thái Tông cho làm Nữ Học Sỹ. Khi Hoàng Đế băng, triều đình đem cô ra tra khảo thì cô khai là Nguyễn Trãi sai cô giết Hoàng Đế. Bởi lẽ này mà ông bị trị tội. Khi đem ra hành hình, người con gái ấy liền hóa thành một con rắn, bò xuống nước mà đi mất”.