Tới Hòa ước Nhâm Tuất (1862), triều đình Huế nhượng hẳn 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ cho Pháp làm thuộc địa. Chính quyền thực dân Pháp chia 3 tỉnh này thành 13 thành các hạt thanh tra (inspection), do các viên chức Pháp ngạch thanh tra các công việc bản xứ (inspecteur des affaires indigeânes) đứng đầu, nhưng tạm thời vẫn giữ cơ cấu phủ huyện cũ. Phần đất của quận Bình Thạnh ngày nay nằm trong hạt Sài Gòn, tương ứng với 5 xã thôn Bình Hòa, Bình Lợi Trung, Thạnh Đa, Phú Mỹ và Bình Quới Tây[6], thuộc tổng Bình Trị Thượng, huyện Bình Dương, phủ Tân Bình, địa hạt Sài Gòn.Sau khi chiếm được toàn bộ Nam Kỳ, năm 1868, chính quyền thực dân Pháp bãi bỏ các đơn vị hành chính phủ, huyện, phân chia lại toàn bộ cõi Nam Kỳ.
