Trong số các sỹ phu đương thời và cả sau này, Phan Châu Trinh là người thấy rõ nhất những nhược điểm trong nền văn minh và trong con người Việt Nam. Ông chủ trương phải thay đổi từ gốc rễ là con người cùng những yếu tố khác như văn hóa, ý thức hệ, phong tục tập quán... Bên cạnh đó, ông cho rằng Việt Nam phải phát triển kinh tế và giáo dục để tự lực tự cường, hội nhập vào thế giới văn minh rồi mưu cầu độc lập chứ không cầu viện ngoại bang dùng bạo lực giành độc lập. Chỉ như vậy mới bảo đảm Việt Nam sẽ có một nền độc lập chân chính, lâu bền về chính trị lẫn kinh tế trong quan hệ với ngoại bang cũng như nhân dân sẽ được hưởng độc lập và tự do cá nhân trong quan hệ với nhà nước.

Mùa hè năm 1906, Phan Châu Trinh về nước. Việc làm đầu tiên là gửi một bức chữ Hán (quen gọi là Đầu Pháp chính phủ thư) cho Toàn quyền Paul Beau vạch trần chế độ phong kiến thối nát, yêu cầu nhà cầm quyền Pháp phải thay đổi thái độ đối với sĩ dân nước Việt và sửa đổi chính sách cai trị để giúp nhân dân Việt từng bước tiến lên văn minh.

Sau đó, với phương châm "tự lực khai hóa" và tư tưởng dân quyền, Phan Châu Trinh cùng Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp đi khắp tỉnh Quảng Nam và các tỉnh lân cận để vận động cuộc duy tân. Khẩu hiệu của phong trào lúc bấy giờ là: Khai dân trí, chấn dân khí, hậu dân sinh. Phương thức hoạt động của phong trào là bất bạo động, công khai hoạt động nhằm khai hóa dân tộc, giáo dục ý thức công dân - tinh thần tự do, xây dựng cá nhân độc lập - tự chủ - có trách nhiệm với bản thân và xã hội, thay đổi tận gốc rễ nền văn hóa - tâm lý - tính cách - tư duy - tập quán của người Việt, phổ biến các giá trị của nền văn minh phương Tây như pháp quyền - dân quyền - nhân quyền - dân chủ - tự do - bình đẳng - bác ái, cải cách trên mọi lãnh vực, khuyến khích giáo dục bỏ lối học từ chương, phát động phong trào học Quốc ngữ, mở mang công thương nghiệp, chấn hưng công nghệ, bỏ mê tín dị đoan, kêu gọi cắt tóc ngắn, cắt ngắn móng tay,...

Thời gian này, ông viết bài Tỉnh quốc hồn ca, kêu gọi mọi người duy tân theo hướng dân chủ tư sản như vừa lược kể.

Hưởng ứng, ở Quảng Nam và các tỉnh lân cận, nhiều trường học, thư xã, thương hội, hội nghề nghiệp...lần lượt được lập ra.

Tháng 7 năm 1907, Phan Châu Trinh nhận lời mời ra Hà Nội tham gia diễn giảng mỗi tháng 2 kỳ ở Đông Kinh nghĩa thục.