Giai đoạn 1884-1892, nhiều toán nghĩa quân hoạt động riêng rẽ, chưa có sự chỉ huy thống nhất. Sau khi Đề Nắm mất (4/1892), Đề Thám trở thành lãnh tụ của phong trào.
Giai đoạn 1893-1908: Thời kì này nghĩa quân vừa chiến đấu vừa xây dựng cơ sở.
Giai đoạn 1909-1913: Sau vụ đầu độc lính Pháp ở Hà Nội , phát hiện thấy có sự dính líu của Đề Thám, Thực dân Pháp đã tập trung lực lượng, mở cuộc tấn công quy mô lên Yên Thế.
Đến ngày 10/2/1913khi thủ lĩnh Đề Thám bị sát hại phong trào tan rã
Khởi nghĩa Yên Thế có những đặc điểm khác so với những cuộc khởi nghĩa cùng thời : Mục tiêu chiến đấu không phải là để khôi phục chế độ phong kiến, bảo vệ ngôi vua như các cuộc khởi nghĩa cùng thời (khởi nghĩa Yên Thế không thuộc phong trào Cần vương). - Lãnh đạo cuộc khởi nghĩa không phải là các văn thân, sĩ phu mà là những người xuất thân từ nông dân với những phẩm chất đặc biệt (tiêu biểu là Hoàng Hoa Thám) : căm thù đế quốc, phong kiến, mưu trí, dũng cảm, sáng tạo : trung thành với quyền lợi của những người cùng cảnh ngộ, hết sức thương yêu nghĩa quân. - Lực lượng tham gia khởi nghĩa đều là những người nông dân cần cù, chất phác, yêu cuộc sống. - Về địa bàn : khởi nghĩa Yên Thế nổ ra ở vùng trung du Bắc Kì. - về cách đánh : nghĩa quân Yên Thế có lối đánh linh hoạt, cơ động... - Về thời gian : cuộc khởi nghĩa tồn tại dai dẳng suốt 30 năm, gây cho địch nhiều tổn thất. - Khởi nghĩa Yên Thế tiêu biểu cho tinh thần quật khởi của nông dân, có tác dụng làm chậm quá trình xâm lược, bình định vùng trung du và miền núi phía Bắc của thực dân Pháp.