Đối với lý tính đất: Chất hữu cơ có ảnh hưởng rất lớn đến tính chất vật lý của đất. Một trong những ảnh hưởng quan trọng là hình thành cấu trúc và đuy trì độ bền cấu trúc của đất (Cochrane và Aylmore, 1994; Thomas và ctv, 1996). Chất hữu cơ và mùn có tác dụng cải thiện trạng thái kết cấu của đất, các keo mùn gắn kết các hạt đất với nhau tạo thành những hạt kết tốt, bền vững từ đó ảnh hưởng toàn bộ lý tính của đất như chế độ nước (tính thấm và giữ nước tốt hơn), chế độ khí, chế độ nhiệt (sự hấp thu nhiệt và giữ nước tốt hơn), giảm tính dính dẻo, tăng cường khả năng cày xới đất. Vì vậy đất nhiều mùn thì có chế độ nước, không khí và nhiệt độ tốt phù hợp cho cây sinh trưởng phát triển và cho năng suất cao.

Đối với hóa tính đất: chất hữu cơ có vai trò quan trọng về mặt hóa học đất như: Gia tăng CEC, tăng khả năng giữ chất dinh dưỡng cho đất, tăng cường độ sự phóng thích chất dinh dưỡng từ các thành phần khoáng trong đất bị hòa tan bởi các acid hữu cơ. Theo Trần Văn Chính (2006), chất hữu cơ và mùn tham gia phản ứng hóa học của đất, cải thiện điều kiện oxy hóa, gắn liền với sự di động và kết tủa của các nguyên tố vô cơ trong đất. Nhờ có nhóm các định chức các hợp chất mùn nói riêng, chất hữu cơ nói chung làm tăng khẳ năng hấp thụ của đất, giữ được các chất dinh dưỡng, đồng thời làm tăng tính đệm của đất.
Đối với tăng trưởng cây trồng: chất hữu cơ rất quan trọng và giữ vai trò chính bởi vì nó ảnh hưởng đến đặt tính lý, hóa và sinh học đất (Son and Ramaswami, 1997). Theo Akio Ikono (1984) chất hữu cơ là nguồn cung cấp dinh dưỡng cho cây trồng qua quá trình khoáng hóa. Chất hữu cơ không chỉ là nguồn cung cấp dinh dưỡng cho cây trồng mà còn giúp duy trì chất lượng đất theo hướng bền vững nhằm đạt năng suất cao qua sự cải tạo tính chát lý, hóa và sinh học đất (Flaig, 1984).

1.1.5.2 Chất hữu cơ là kho thức ăn cho cây trồng và vi sinh vật

Chất hữu cơ và đất đều chứa một lượng khá lớn các nguyên tố dinh dưỡng N, P, K, S, Ca, Mg và các nguyên tố vi lượng, trong đó đặt biệt là N. Những nguyên tố này được giữ một thời gian dài trong các hợp chất hữu cơ, vì vậy chất hữu cơ đất vừa cung cấp thức ăn thường xuyên vừa là kho dữ trử dinh dưỡng lâu dài của cây trồng cũng như vi sinh vật đất (Trần Văn Chính, 2006).
Chất hữu cơ là nguồn thức ăn quan trọng của hệ vi sinh vật, là môi trường sống của hệ vi sinh vật đất. Mùn là chất kích thích sinh trưởng và là chất kháng sinh để chống lại bệnh hại của cây trồng (Ngô Thị Đào và Vũ Hữu Yêm, 2005).

1.1.5.3 chất hữu cơ đất có tác dụng duy trì bảo vệ đất

Theo Trần Văn Chính (2006), chất hữu cơ có chứa chất kháng sinh cho thực vật chống lại sự phát sinh sâu bệnh và là môi trường rất tốt làm tăng hoạt tính của hầu hết vi sinh vật đất.
Tăng cường sự phân giải của vi sinh vật hoặc xúc tác cho sự phân giải các thuốc bảo vệ thực vật trong đất.
Cố định các chất gây ô nhiễm trong đất, làm giảm mức đọ dễ tiêu của chất độc cho thực vật.

1.1.5.4 Phản ứng tạo phức

Theo Võ Thị Gương (2010) sự tạo phức của chất hữu cơ có vai trò quan trọng trong cải thiện độ phì nhiêu của đất. phức chất hữu cơ cũng ảnh hưởng trực tiếp hoặc gián tiếp đến các tính chất như lý, hóa và sinh học đất.
Phức liên kết giữa vi sinh vật sống như vi khuẩn, nấm – khoáng sét- chất hữu cơ thì quan trọng rất nhiều so với quan niệm trước đây. Đó là tiến trình tạo nên môi trường không thể thiếu được cho các phản ứng sinh hóa học sảy ra, mặc dù đến nay người ta chưa hiểu nhiều về ảnh hưởng của nó đến các chu trình hữu cơ của vi sinh vật sống trong đất (Võ Thị Gương, 2010).