Để tận dụng ưu thế trung tâm chính trị của Giang Hộ, triều đình đã đổi tên Giang Hộ thành Đông Kinh (, Tokyo, nghĩa là Thủ đô ở phía Đông) và đưa triều đình về đó.

Triều đình Minh Trị đưa ra khẩu hiệu "Phú quốc cường binh" (fukoku kyohei) nhằm khai thác tâm lý lo sợ Nhật Bản sẽ trở thành thuộc địa của phương Tây nếu không chịu canh tân. Trên cơ sở đó, họ đã thuyết phục được Thiên hoàng tuyên bố từ bỏ những tập tục có hại và sẵn sàng học hỏi phương Tây. Người Nhật trở nên nhiệt tình với bunmei kaika (văn minh khai hóa).

Để xóa quyền lực của các đại danh, triều đình đã thực hiện phế phiên, lập huyện, bãi bỏ hệ thống lãnh địa và danh hiệu của các đại danh. Đồng thời, họ tuyên bố "tứ dân bình đẳng", nghĩa là bốn tầng lớp gồm võ sĩ, nông dân, thợ thủ công và thương nhân giờ đây không còn bị phân biệt. Điều này gây bất bình ở tầng lớp võ sĩ, nên triều đình Minh Trị phải vừa đàn áp vừa xoa dịu bằng cách bồi thường bằng tiền. Khoản tiền nhận được từ triều đình cộng với tri thức mà tầng lớp võ sĩ được trang bị đã biến tầng lớp võ sĩ thành giai cấp tư sản. Giai cấp võ sĩ quý tộc tư sản chủ trương xây dựng Nhật Bản theo con đường quân sự là nguyên nhân dẫn đến việc Nhật Bản sau này trở thành đế quốc phong kiến quân phiệt.

Triều đình còn ban bố quyền tự do buôn bán (kể cả ruộng đất) và đi lại, thiết lập chế độ tiền tệ thống nhất (đồng Yên), xây dựng cơ sở hạ tầng (đặc biệt là đường sắt) và phát triển chủ nghĩa tư bản đến tận các vùng nông thôn. Triều đình còn ra lệnh phế đao, không người dân tự ý mang đao kiếm.

Nhiều phái đoàn được cử sang phương Tây học hỏi về cách thức quản lý hành chính và về kỹ thuật. Toà án mới (kiểu phương Tây) được thành lập. Nhiều cải cách quan trọng về giáo dục được thi hành trong đó có việc thành lập các trường Đại học để đào tạo tầng lớp lãnh đạo chính quyền và kinh doanh. Cơ sở hạ tầng bắt đầu được quan tâm phát triển. Nhiều chuyên gia phương Tây được mời tới Nhật Bản để phổ biến kiến thức và kỹ thuật.

Về quân sự, quân đội được tổ chức và huấn luyện theo kiểu phương Tây. Lục quân theo mô hình Lục quân Đức, Hải quân theo mô hình Hải quân Anh, các công xưởng và nhà máy vũ khí theo mô hình công binh Pháp, hệ thống hậu cần học hỏi rất nhiều từ Hoa Kỳ. Quân đội Nhật Bản áp dụng chế độ nghĩa vụ quân sự thay cho chế độ trưng binh và tăng cường mua và sản xuất vũ khí, đạn dược. Kèm theo đó là mời các giảng viên quân sự nước ngoài về để giảng dạy và đưa các sinh viên sĩ quan đến một số nước như Anh, Pháp học tập.

Về giáo dục, đưa những thành tựu khoa học khoa học-kỹ thuật vào giảng dạy và áp dụng chế độ giáo dục bắt buộc. Các môn học chuyển chủ yếu từ học thuộc Kinh Sử sang Khoa học-Kỹ nghệ-Thương mại. Mô hình tự trị-tự chủ Đại học được áp dụng theo hình mẫu phương Tây. Tư nhân được phép mở trường. Chất lượng dạy học cũng như chương trình chịu ảnh hưởng Hoa Kỳ và Phương Tây nhiều mặt. Điển hình như việc soạn sách: 80% sách vở và tài liệu chuyên ngành được biên soạn theo mẫu Phương Tây. Trong thời gian đầu cải cách Giáo dục, ước tính có tới 500 giảng viên nước ngoài trong số 15 Đại học đầu tiên của Nhật. Các giảng viên này được trả lương rất cao - 300 Yên/ tháng so với lương Công chức Nhật thời bấy giờ là 30 Yên/tháng và hỗ trợ tốt về ăn ở, đi lại nhằm mục đích để họ cống hiến hết mình, truyền bá các kinh nghiệm của bản thân. Giảng Viên Nhật có thể học hỏi phương pháp của các Giáo sư nước ngoài này. Những học sinh giỏi được cử sang du học ở nước ngoài.

Năm 1889, Hiến pháp mới được ban hành quy định Nhật Bản là một quốc gia quân chủ lập hiến.